RMAで正規化したデータをテキスト形式に書き出してみた♪

#RMA法によりnormailzeしたデータをEXEL等の表計算ソフトで出力できるようにデータを加工します♪


$ ls
GSM349024.CEL.gz  GSM349027.CEL.gz  GSM349030.CEL.gz
GSM349025.CEL.gz  GSM349028.CEL.gz  GSM349023.CEL.gz 
GSM349026.CEL.gz  GSM349029.CEL.gz

$R


library(affy)
GSE13869 <- ReadAffy()　　　　#カレントディレクトリにあるすべてのセルファイルを読み込んでAffyBatchオブジェクトを生成する
eset <- rma(GSE13869)


data <- eset[,c(1,3,4,6,7,8)]#GEOの情報によると、wt/wt, ko/wt, ko/ko, wt/wt, ko/wt, ko/ko, wt/wt, ko/koなので２群比較を視野にいれてwt/wtとko/koを抽出して新にオブジェクトを作った。

exprs <- exprs(data)　　　#ExprsSetオブジェクトから発現データとアレイ名とスポット名だけを抜き取ってマトリックスを生成

write.table(data, file="test.txt", sep="\t")

#exprsの乗法を調べてみるとこんな感じ　
summary(exprs)
 GSM349023.CEL.gz GSM349025.CEL.gz GSM349026.CEL.gz GSM349028.CEL.gz
 Min.   : 2.545   Min.   : 2.498   Min.   : 2.533   Min.   : 2.603 
 1st Qu.: 4.384   1st Qu.: 4.366   1st Qu.: 4.367   1st Qu.: 4.441 
 Median : 6.129   Median : 6.115   Median : 6.178   Median : 6.201 
 Mean   : 6.394   Mean   : 6.393   Mean   : 6.398   Mean   : 6.410 
 3rd Qu.: 8.131   3rd Qu.: 8.164   3rd Qu.: 8.153   3rd Qu.: 8.092 
 Max.   :14.469   Max.   :14.485   Max.   :14.560   Max.   :14.533 
 GSM349029.CEL.gz GSM349030.CEL.gz
 Min.   : 2.529   Min.   : 2.529 
 1st Qu.: 4.413   1st Qu.: 4.349 
 Median : 6.211   Median : 6.169 
 Mean   : 6.411   Mean   : 6.398 
 3rd Qu.: 8.117   3rd Qu.: 8.167 
 Max.   :14.551   Max.   :14.570 


write.exprs(data, file="test2.txt", sep="\t")　 #ちなみにwrite.exprs関数を用いてexpExprSetオブジェクトから一発でテキストに発現データを書き出すこともできる。