チップの蛍光イメージ

$ ls
GSM349024.CEL.gz  GSM349027.CEL.gz  GSM349030.CEL.gz
GSM349025.CEL.gz  GSM349028.CEL.gz  GSM349023.CEL.gz 
GSM349026.CEL.gz  GSM349029.CEL.gz

$R


library(affy)
GSE13869 <- ReadAffy()　　　　#カレントディレクトリにあるすべてのセルファイルを読み込んでAffyBatchオブジェクトを生成する


png("image_rawdata.png")
par(mfrow = c(2,4))
image(GSE13869)   #AffyBatchにグラフィカルな操作なのでかなり時間がかかります。。。
dev.off()

GSE13869.bg <- bg.correct(GSE13869, method = "mas")         #Affymetrix社の公式のバックグラウンド補正法のMAS5をmethodとして採用する。この場合、Affybatchオブジェクトが生成する。
GSE13869.bg.norm <- normalize(GSE13869.bg, method = "quantiles")　　　#quantileで正規化を行う。この場合AffyBatchオブジェクトが生成する。

png("image_bg_norm.png")
par(mfrow = c(2,4))
image(GSE13869.bg.norm)   #AffyBatchにグラフィカルな操作なのでかなり時間がかかります。。。
dev.off()