Blastallにチャレンジ。失敗。

$ sudo apt-get install blast
$ sudo apt-get install blast2

$ seqret refseqp:NP_203124 -outseq casp7.aa     #refseq"p"とやればアミノ酸もとってこれることがわかった！！！！

$ cat casp7.aa
>NP_203124 NP_203124.1 caspase-7 isoform delta [Homo sapiens].
MDCVGWPPGRKWHLEKNTSCGGSSGICASYVTQMADDQGCIEEQGVEDSANEDSVDAKPD
RSSFVPSLFSKKKKNVTMRSIKTTRDRVPTYQYNMNFEKLGKCIIINNKNFDKVTGMGVR
NGTDKDAEALFKCFRSLGFDVIVYNDCSCAKMQDLLKKASEEDHTNAACFACILLSHGEE
NVIYGKDGVTPIKDLTAHFRGDRCKTLLEKPKLFFIQACRGTELDDGIQADSGPINDTDA
NPRYKIPVEADFLFAYSTVPGYYSWRSPGRGSWFVQALCSILEEHGKDLEIMQILTRVND
RVARHFESQSDDPHFHEKKQIPCVVSMLTKELYFSQ

$ blastall -p blastp -i casp7.aa -d ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/ -o casp7.result

$ cat casp7.result
BLASTP 2.2.21 [Jun-14-2009]


Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.

Query= NP_203124 NP_203124.1 caspase-7 isoform delta [Homo sapiens].
         (336 letters)


queryは表示されているが・・・。

どうやらncbiのデータベースをハードディスクに落とさなくてはいけないみたいだ。
おsれか、 -d を工夫してネットから読むようにするか。