二つのアミノ酸配列に対してドットプロットを描写する。ps,pdf,tifの変換も勉強したよ♪

caspase7のヒトとzebrafishのホモログのペアワイズ作成においてドットプロットを描写する。両方の配列が同じアミノ酸や延期のときにに点が打たれる。



$ dottup
Displays a wordmatch dotplot of two sequences


Input sequence: refseqp:NP_203124    #ひとのCASP7
Second sequence: refseqp:NP_001018443   #ゼブラフィッシュのcasp7
Word size [10]:     #ここはEnter
Graph type [x11]: ps
Created dottup.ps   #psファイル作成をしている。
$ ls
110208.txt  110211.pl  110211.txt  110211_2.pl  dottup.ps  var0.pl  var1.pl


$ sudo apt-get install gv

$ gv dottup.ps
$ ps2pdf dottup.ps       #PostScriptファイルは利便性が低いのでpdfファイルに変更する。
$ ls
110208.txt  110211.pl  110211.txt  110211_2.pl  dottup.pdf  dottup.ps  var0.pl  var1.pl

$ sudo apt-get install xpdf-reader
$ xpdf dottup.pdf


$ convert dottup.pdf -dottup.tiff        #さらにこっから、pdf -> tiff 変換を行う!!!!
$ convert dottup.pdf -dottup.png      #pngファイルじゃないとブログに貼れなかったんで。。。