$ dottup
Displays a wordmatch dotplot of two sequences
Input sequence: refseqp:NP_203124 #ひとのCASP7
Second sequence: refseqp:NP_001018443 #ゼブラフィッシュのcasp7
Word size [10]: #ここはEnter
Graph type [x11]: ps
Created dottup.ps #psファイル作成をしている。
$ ls
110208.txt 110211.pl 110211.txt 110211_2.pl dottup.ps var0.pl var1.pl
$ sudo apt-get install gv
$ gv dottup.ps
$ ps2pdf dottup.ps #PostScriptファイルは利便性が低いのでpdfファイルに変更する。
$ ls
110208.txt 110211.pl 110211.txt 110211_2.pl dottup.pdf dottup.ps var0.pl var1.pl
$ sudo apt-get install xpdf-reader
$ xpdf dottup.pdf
$ convert dottup.pdf -dottup.tiff #さらにこっから、pdf -> tiff 変換を行う！！！！
$ convert dottup.pdf -dottup.png #pngファイルじゃないとブログに貼れなかったんで。。。
