Open bABERLという化学構造ファイル形式の変換を目的に開発されたソフトをまずはインストールする。
$ sudo apt-get install openbabel
$ obenergy CID_2244.sdf
A T O M T Y P E S
IDX TYPE
1 0800
2 0800
3 0801
4 0801
5 0603
6 0603
7 0603
8 0603
9 0603
10 0603
11 0601
12 0601
13 0600
14 0100
15 0100
16 0100
17 0100
18 0100
19 0100
20 0100
21 0100
C H A R G E S
IDX CHARGE
1 0.000000
2 -0.250000
3 -0.100000
4 -0.100000
5 0.000000
6 0.000000
7 -0.100000
8 -0.100000
9 -0.100000
10 -0.100000
11 0.100000
12 0.100000
13 0.000000
14 0.100000
15 0.100000
16 0.100000
17 0.100000
18 0.000000
19 0.000000
20 0.000000
21 0.250000
S E T T I N G U P C A L C U L A T I O N S
SETTING UP BOND CALCULATIONS...
SETTING UP ANGLE CALCULATIONS...
SETTING UP TORSION CALCULATIONS...
SETTING UP VAN DER WAALS CALCULATIONS...
SETTING UP ELECTROSTATIC CALCULATIONS...
E N E R G Y
TOTAL BOND STRETCHING ENERGY = 14203.861 kJ/mol
TOTAL ANGLE BENDING ENERGY = 1685.192 kJ/mol
TOTAL TORSIONAL ENERGY = 6.883 kJ/mol
TOTAL VAN DER WAALS ENERGY = 17385.054 kJ/mol
TOTAL ELECTROSTATIC ENERGY = -3.713 kJ/mol
TOTAL ENERGY = 33277.277 kJ/mol
==============================
*** Open Babel Warning in ReadMolecule
WARNING: Problems reading a MDL file
Cannot read creator/dimension line line
#こういう物理化学的な計算が瞬時にできるのがLinuxを使っているメリットのひとつやろうなーー♪
