GSM349024.CEL.gz GSM349027.CEL.gz GSM349030.CEL.gz
GSM349025.CEL.gz GSM349028.CEL.gz GSM349023.CEL.gz
GSM349026.CEL.gz GSM349029.CEL.gz
$R
library(affyPLM)
library(affy)
GSE13869 <- ReadAffy() #カレントディレクトリにあるすべてのセルファイルを読み込んでAffyBatchオブジェクトを生成する
affyPLM <- fitPLM(GSE13869) #AffyBatchクラスから、さらに重み、残差、パラメータ,標準誤差の推定値、ロバストモデルへのフィットに関連する情報などを保持するPLMsetクラスを生成。
png("PLM_rawdata.png") #すべてのアレイデータを処理すると、大変時間がかかるので、引数[]を与えてやり、一行目だけ処理を行った。
par(mfrow = c(2,2))
image(GSE13869[, 1])
image(affyPLM, type = "weights", which = 1)
image(affyPLM, type = "resids", which = 1)
image(affyPLM, type = "sign.resids", which = 1)
dev.off()
