ubuntuの環境でEMBOSSを使えるようにする!!!(しんどかった。。。)


#まずはコンパイルできる環境を整えるために必要なソフトをインストールします。


$sudo apt-get install build-essential


EMBOSSのホームページ http://emboss.sourceforge.net/
ここのEMBOSSのソースファイルがおいてある ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/

$ls
2011                 R                 ダウンロード  デスクトップ  ビデオ    ミュージック
examples.desktop  テンプレート  ドキュメント  ピクチャ  公開

$wget ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/EMBOSS-6.3.1.tar.gz
$ls
2011                 R                 ダウンロード  デスクトップ  ビデオ    ミュージック
EMBOSS-6.3.1.tar.gz  examples.desktop  テンプレート  ドキュメント  ピクチャ  公開

$tar xfz EMBOSS-6.3.1.tar.gz   #圧縮形式のEMBOSS-6.3.1.tar.gzをカレントディレクトリに展開する
$ls
2011          EMBOSS-6.3.1.tar.gz  examples.desktop  テンプレート  ドキュメント  ピクチャ      公開
EMBOSS-6.3.1  R                    ダウンロード      デスクトップ  ビデオ        ミュージック

$cd EMBOSS-6.3.1    #展開により生成したディレクトリに移動
$pwd
/home/tetsuo/EMBOSS-6.3.1  

$./configure --without-x
#configureコマンドは、インストールするPC環境(コンパイラの種類など)をチェックして、その環境にあったビルド方法を定義した「Makefile」というファイルに作成する。 "--without-x"というオプションをつけないとubuntu10.04の環境ではエラーが出てしまう!!!!!!!!!!!!!!!!!!

#X11 graphics have been selected but no X11 header files have been found.らしいんで

$make    #makeコマンドはMakefileに記述された方法でソースファイルをコンパイル、実行ファイルを作る。

$sudo make install #インストールを実行


#EMBOSSを使うには、"emboss.default"を作成する必要がある。以下のディレクトリにテンプレートがおいてあるのでそれをコピーして使う。

$cd /usr/local/share/EMBOSS 
$sudo cp emboss.default.template emboss.default

$wossname  #wossnameでコマンド一覧を表示しようと思って入れてもエラーメッセージが出て本当に困った。

$export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH 
#これを入力する必要があることがいつまでもたっても調べきれず、途方に暮れた・・・・。外国のユーザーの方はとっくの昔に掲示板に質問してて、ビックリした。。

$wossname

Finds programs by keywords in their short description
Text to search for, or blank to list all programs: add
SEARCH FOR 'ACD'

acdc      Test an application ACD file
acdpretty Correctly reformat an application ACD file
acdtable  Generate an HTML table of parameters from an application ACD file
acdtrace  Trace processing of an application ACD file (for testing)
acdvalid  Validate an application ACD file


$showdb     #データベースを表示。
Displays information on configured databases
# Name         Type       ID  Qry All Comment
# ============ ========== ==  === === =======
tpir           Protein    OK  OK  OK  PIR using NBRF access for 4 files
tsw            Protein    OK  OK  OK  Swissprot native format with EMBL CD-ROM index
tswnew         Protein    OK  OK  OK  Swissnew as 3 files in native format with EMBL CD-ROM index
twp            Protein    OK  OK  OK  EMBL new in native format with EMBL CD-ROM index
tembl          Nucleotide OK  OK  OK  EMBL in native format with EMBL CD-ROM index
tgb            Nucleotide OK  OK  OK  Genbank IDs
tgenbank       Nucleotide OK  OK  OK  GenBank in native format with EMBL CD-ROM index

#このままでは(初期状態ではネットワーク越しの遺伝子配列の取得が指定されていないので、一例として、先ほど作成したemboss.defaultの内容に対して以下の記述を追加する)

# ただし、emboss.defaultも読み取り専用の設定となっておいる。これを変更するため、root権限で読み取り専用を解除する$sudo nautilusでパスワードを入力し、ファイルマネージャーを起動する。
# /usr/local/share/EMBOSSのフォルダを開き、「emboss.default」を右クリックして、「プロパティ」→「アクセス権」のタブを開き、「読み込み専用」のところを「読み書き」に変更。そしてやっと開いたファイルに対して、本文の末尾に続けて、ネット上で公開されているKNOBのソースコード(http://itoshi.tv/emboss.default)をぶち込む。これでかの有名なKNOB(Knoppix for Bio)と同じ環境でEMBOSSを楽しむことができる(ハズ)♪♪♪



--------------ここから-------------------------------



#
# emboss.default for Knoppix for bio (KNOB)
#
# written by Itoshi NIKAIDO <dritoshi at gmail dot com>
#

SET emboss_data /usr/share/EMBOSS/data

########################
### access method SRSWWW
########################

DB embl [
  type: N
  format: embl
  method: srswww
  dbalias: embl
  fields: "sv des org key"
  url: http://srs.ebi.ac.uk/cgi-bin/wgetz
  comment: "The EMBL nucleotide sequence database constitutes Europes primary nucleotide sequence resource. The database is produced in an international collaboration with GenBank (USA) and the DNA Database of Japan (DDBJ)."
]

DB refseq [
  type: N
  format: genbank
  method: srswww
  dbalias: REFSEQ
  fields: "sv des org key"
  url: http://srs.ebi.ac.uk/cgi-bin/wgetz
  comment: "Database providing non-redundant curated data representing knowledge of known genes"
]

DB swall [
  type: P
  format: swiss
  method: srswww
  dbalias: SWALL
  fields: "sv des org key"
  url: http://srs.ebi.ac.uk/cgi-bin/wgetz
  comment: "A combined database of Swiss-Prot, SPTREMBL and TREMBLNEW. Does not contain REMTREMBL. "
]

DB swissprot [
  type: P
  format: swiss
  method: srswww
  dbalias: SWISSPROT
  fields: "sv des org key"
  url: http://srs.ebi.ac.uk/cgi-bin/wgetz
  comment: "Database of protein sequences produced collaboratively by the Swiss Institute for Bioinformatics (SIB) and the European Bioinformatics Institute (EBI). "
]

DB SpTrEMBL [
  type: P
  format: embl
  method: srswww
  dbalias: SPTREMBL
  fields: "sv des org key"
  url: http://srs.ebi.ac.uk/cgi-bin/wgetz
  comment: "Contains the translations of all coding sequences present in the EMBL sequence database not yet integrated in SWISS-PROT "
]

DB pir [
  type: P
  format: pir
  method: srswww
  dbalias: PIR
  fields: "sv des org key"
  url: http://srs.ebi.ac.uk/cgi-bin/wgetz
  comment: "Protein Identification Resource. "
]

DB refseqp [
  type: P
  format: genbank
  method: srswww
  dbalias: REFSEQP
  fields: "sv des org key"
  url: http://srs.ebi.ac.uk/cgi-bin/wgetz
  comment: "Database of protein information from REFSEQ "
]

DB DDBJRELEASE [
  type: N
  format: genbank
  method: srswww
  url: http://srs.ddbj.nig.ac.jp/cgi-bin/wgetz
  dbalias: DDBJRELEASE
  fields: "sv des org key"
  comment: "DDBJRELEASE IDs"
]

DB DDBJNEW [
  type: N
  format: genbank
  method: srswww
  url: http://srs.ddbj.nig.ac.jp/cgi-bin/wgetz
  dbalias: DDBJNEW
  fields: "sv des org key"
  comment: "DDBJNEW IDs"
]

DB GENBANK [
  type: N
  format: genbank
  method: url
  url: "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nucleotide&rettype=gb&retmode=text&id=%s"
  dbalias: GENBANKN
  comment: "NCBI IDs"
]

# SET emboss_proxy "10.3.1.1:8080"



--------------ここまで-----------------------------------------

あと、これも入れときました。

DB swissprot [
  type: P
  format: swiss
  method: srswww
  dbalias: SWISSPROT
  fields: "sv des org key"
  url: http://srs.ebi.ac.uk/cgi-bin/wgetz
  comment: "Database of protein sequences by SIB and EBI. "
]


これで完成です!!

これで私のPCでもEMBOSSが楽しみたい放題になるといいなあと思います。