１ 計算が数日あるいは数週間に及ぶようなシミュレーションのときに、ユーザーがログアウトしても処理が続いてくれる
２ 定期的に実行しなければならない処理をRを起動せずにOSのバックグラウンドで自動的に開始できる
とはいうものの、マイクロアレイの解析をちょこちょこやる程度の現段階でそれほど必要性は感じない。しかし、次世代シークエンサーは一つのファイルがテラのオーダのデータ量であり、したがって処理時間も相当かかってくることが予想される。このようなときにバッチ処理が有効になってくるのではにあかと予想される。
とりあえず、今回はさわりだけ勉強してみた。
$vi 110127_expression.R #test.RというRのスクリプトファイルを作成
aかiで入力モードへ
---ここから---
png("110127_expression.png")
exprsgene1 <- 1:20 #１から２０までの数値が格納されたxというベクトルオブジェクトを生成
exprsgene2 <- 51:70 #５１から７０までの数値が格納されたxというベクトルオブジェクトを生成
plot(exprsgene1,exprsgene2) #プロットさせる
dev.off()
---ここまで---
Escキーでコマンドモードに戻る
:wq で上書き保存してviエディタを終了
$ more 110127_expression.R #スクリプトファイルの中身をのぞいてみる
png("110127_expression.png")
exprsgene1 <- 1:20 #１から２０までの数値が格納されたxというベクトルオブジェクトを生成
exprsgene2 <- 51:70 #５１から７０までの数値が格納されたxというベクトルオブジェクトを生成
plot(exprsgene1,exprsgene2) #プロットさせる
dev.off()
#いい感じ
$ R CMD BATCH 110127_expression.R 110127_expression.txt #上で書いたRのスクリプトファイルを読み込み計算をさせ、結果をテキストファイルとして出力させる。
$ ls -n
合計 52
-rw-r--r-- 1 1000 1000 395 2011-01-26 12:04 110126_EMBOSSのインストール.txt
-rw-r--r-- 1 1000 1000 3596 2011-01-26 12:46 110126_Rのすぐれたヘルプ機能.txt
-rw-r--r-- 1 1000 1000 65 2011-01-27 21:14 110127_Hello.c
-rw-r--r-- 1 1000 1000 1260 2011-01-27 23:32 110127_Rでバッチ処理
-rw-r--r-- 1 1000 1000 351 2011-01-27 23:29 110127_expression.R #もとのスクリプトファイル
-rw-r--r-- 1 1000 1000 5484 2011-01-27 23:32 110127_expression.png #Rのプログラムの中にあった散布図をpngファイルで出力できている♪
-rw-r--r-- 1 1000 1000 1378 2011-01-27 23:32 110127_expression.txt #処理結果がちゃんと指定したファイル名で保存されている
-rw-r--r-- 1 1000 1000 3111 2011-01-27 12:30 110127_viエディタ
-rw-r--r-- 1 1000 1000 1530 2011-01-27 19:40 110127_ディレクトリの変更.txt
-rwxr-xr-x 1 1000 1000 7146 2011-01-27 21:14 Hello
-rw-r--r-- 1 1000 1000 3161 2011-01-27 20:58 １１０17_C言語の入門.txt
$more 110127_expression.txt #計算結果を見てみる
R version 2.10.1 (2009-12-14)
Copyright (C) 2009 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
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'demo()'と入力すればデモをみることができます。
'help()'とすればオンラインヘルプが出ます。
'help.start()'でHTMLブラウザによるヘルプがみられます。
'q()'と入力すればRを終了します。
> png("110127_expression.png")
> exprsgene1 <- 1:20 #１から２０までの数値が格納されたxというベクトルオブジェクトを生成
> exprsgene2 <- 51:70 #５１から７０までの数値が格納されたxというベクトルオブジェクトを生成
> plot(exprsgene1,exprsgene2) #プロットさせる
> dev.off()
null device
1
>
> proc.time()
ユーザ システム 経過
0.504 0.068 0.863
