library(graph)
library(Rgraphviz)
set.seed(123)
V <- c("GENE1", "GENE2", "GENE3", "GENE4", "GENE5", "GENE6", "GENE7", "GENE8")
M <- 1:10
p <- 0.5
#V: The nodes of the graph.
#M: A set of values used to generate the graph.
#p: A value between 0 and 1 that indicates the probability of selecting an element of ‘M’
g1 <- randomGraph(V,M,p)
plot(g1)
setwd("/home/tetsuo/2011/1101") #ディレクトリの変更
png("110124_グラフ_1.png")
plot(g1)
dev.off()
class(g1) #g1オブジェクトのクラスを表示
nodes(g1) #g1のすべてのノードの名称を表示
edgeNames(g1) #g1のエッジ（辺)の名称を表示
numEdges(g1) #g1のエッジの数を表示
degree(g1) #それぞれのノードでのエッジ数を表示
adj(g1, "GENE2") #引数で与えられるノードに隣接するノードを表示させる
acc(g1, "GENE1") #引数のノードに到達するための距離を返す
par(mfrow=c(2,2)) #以下に表示される図を一つのウィンドウに割り付けて表示させる(2*2)
plot(g1, "fdp", main="fdp")
plot(g1, "circo", main="circo")
plot(g1, "twopi", main="twopi")
plot(g1, "neato", main="neato")
png("110124_グラフ_2.png") #pngファイルで割り付けた図を保存
par(mfrow=c(2,2))
plot(g1, "fdp", main="fdp")
plot(g1, "circo", main="circo")
plot(g1, "twopi", main="twopi")
plot(g1, "neato", main="neato")
dev.off()
