AffyBatchオブジェクトに対するバックグランド補正と正規化

$ pwd　　　　　　　　　　#先日CELファイルをダウンロードしたディレクトリに移動
/home/kappa/2011/1101/110128_GEO/GSE13869
$ ls
GSM349023.CEL.gz  GSM349025.CEL.gz  GSM349027.CEL.gz  GSM349029.CEL.gz
GSM349024.CEL.gz  GSM349026.CEL.gz  GSM349028.CEL.gz  GSM349030.CEL.gz

$ R

library(affy)


GSE13869 <- ReadAffy()　　　　#カレントディレクトリにあるすべてのセルファイルを読み込んでAffyBatchオブジェクトを生成する

class(GSE13869)
[1] "AffyBatch"
attr(,"package")
[1] "affy"

GSE13869.bg <- bg.correct(GSE13869, method = "mas")         #Affymetrix社の公式のバックグラウンド補正法のMAS5をmethodとして採用する。この場合、Affybatchオブジェクトが生成する。
GSE13869.bg.norm <- normalize(GSE13869.bg, method = "quantiles")　　　#quantileで正規化を行う。この場合AffyBatchオブジェクトが生成する。

png("110130_hist.png")
par(mfrow=c(1,2))
hist(GSE13869, main = " GSE13869")　　　　　　　　　　　　　#AffyBatchオブジェクトに対してはhist関数で実に美しい図が描写できる
hist(GSE13869.bg.norm, main = "GSE13869.bg.norm")              #引数にmain = ""を追加することで、表のタイトルをつけられる。
dev.off()