Bioinformaticsのお勉強

医療系の仕事をしています。生命の尊さ、美しさがどのようなメカニズムで生じるのかに興味があります。科学の方法論を用いて、このような問いに応えたい、私はこう思って医学生物学の基礎研究のトレーニングを受けてきました。生命を科学的手法を用いて理解を試みる上で、genomeを始めとした種々の大量データの処理が必要不可欠であることを痛感しました。また、生命科学が物理学、数学、統計学、有機化学などの種々の学問と深い関わりを持つことを実感しました。そのため、このブログは広範囲の学問領域に関しての記事を載せています。日々の学習内容を文書に書き残し、それを読み返すことによって、体系化された知識を身に付けることを目標としています。どうぞよろしくお願いします。

Day7 SSH接続でX window systemを使用する

X window systemとは、LinuxなBSDなどの一般的なUNIXが採用しているGUI環境のことを指す。以下の図に示すように、X window systemは、サーバー＆クライアントシステムを採用している。このメリットは、いちいちVNCのように生の画像をデータで送るのではなく、GUIの構成を行う処理をクライアントのPCで担うことが可能な点である。すなわち、Raspberry Piから、私が使用しているMacには、GUIを表示するのに必要な情報が送られてくるだけで、実際にGUIを構築するのは、こちらのMacなのである。このことは、Webサーバーのシステムに似ている。

【画像情報】

Recreation of Image:X client server example.png

日付 2006年11月21日

原典 Wikimedia Commons

作者 Original by David Gerard, recreated by Efitu

許可 (ファイルの再利用) GFDL

方法は簡単。sshコマンドの後に-Xというオプションを付けるだけ。Raspbianはデフォルトで、ssh接続でX window systemの利用が可能となっている。
$ ssh -X

#midoriでテスト
$ midori &

#Rでテスト
$ sudo apt-get install update
$ sudo apt-get install r-base

$ R
> hist(rnorm(100))