FinkというMacOS上でUNIXのアプリケーションがコンパイル&実行することができうようになるソフトをまずはインストールします。以下のサイトより。
http://www.finkproject.org/download/index.php?phpLang=ja
次に、
$ perl -v
で現在インストールされているperlのバージョンを調べます。
最後に、
$ fink install bioperl-pm***
***にはperlのバージョンをドットなしの三ケタでいれてください。
結構、時間かかりますけど、無事インストールできると思います。