とりあえず、コマンドが使えなければ話にならないので、環境変数について書きます。
Windowsでは、Rなどの本来シェルの中で動くプログラムがすべて、GUIで動かせるようになっています。ですが実は、CUIでも動かせる実行ファイルがフォルダの中に置いてあることが多いです。
そこで、それらの実行ファイルのパスを通せば、プロンプトから読み込むことができます。
注意点は、複数パスを通したいときには、セミコロンをスペースで連結させることです。このとき、セミコロンの前後にスペースを入れないように気をつけます。
以下に例を示します。
C:\Program Files\vim73-kaoriya-win32;C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin
これで、vim と R をプロンプトの中で動かすことができます。
まあ、フルパスを指定してあげれば、これをしなくても実行はできますが。
ぼくはこの方法で、R、MinGW, ActivePerlのパスを通して、プログラミング環境を構築してます。