R: survivalパッケージ

生存分析をするのに有用なsurvivalパッケージを紹介します。

#Rの起動
$ R


#mirror site の選択
> chooseCRANmirror()
# install package
install.packages("survival")

# load survival package
library(survival)

ためしに、survivalパッケージの中のkidenyについてKaplan-meier plotとロングランク検定を行います。

> data(kidney)
> attach(kidney)
> surv.bysex <- survfit(Surv(time, status==1)~sex)

> png("121125_kidney_survival.png")

> plot(surv.bysex, conf.int=F, col=c("magenta", "green"))

> dev.off()

#ロングランク検定
> survdiff(Surv(time, status==1)~sex)
Call:
survdiff(formula = Surv(time, status == 1) ~ sex)

       N Observed Expected (O-E)^2/E (O-E)^2/V
sex=1 20       18     10.2      5.99      8.31
sex=2 56       40     47.8      1.28      8.31

 Chisq= 8.3  on 1 degrees of freedom, p= 0.00395