Bioinformaticsのお勉強

医療系の仕事をしています。生命の尊さ、美しさがどのようなメカニズムで生じるのかに興味があります。科学の方法論を用いて、このような問いに応えたい、私はこう思って医学生物学の基礎研究のトレーニングを受けてきました。生命を科学的手法を用いて理解を試みる上で、genomeを始めとした種々の大量データの処理が必要不可欠であることを痛感しました。また、生命科学が物理学、数学、統計学、有機化学などの種々の学問と深い関わりを持つことを実感しました。そのため、このブログは広範囲の学問領域に関しての記事を載せています。日々の学習内容を文書に書き残し、それを読み返すことによって、体系化された知識を身に付けることを目標としています。どうぞよろしくお願いします。

BKChemをインストール&使ってみた♪

$ sudo apt-get install bkchem

$ bkchem



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学習項目

  • 12ステップで作る 組込みOS自作入門 (6)
  • Arduino (12)
  • GTK (11)
  • Java (10)
  • Mac OS X (29)
  • OpenGL (1)
  • Operating System (2)
  • Raspberry Pi (28)
  • Tex (3)
  • UNIXプログラミング (43)
  • UNIX一般 (42)
  • Web系スキル (20)
  • ネットワーク科学 (16)
  • マイクロアレイ、NGS (9)
  • 疫学 (12)
  • 制御工学 (2)
  • 生物学 (27)
  • 生物統計学 (68)
  • 電子工作一般 (6)
  • 配列解析 (9)
  • 物理学一般 (11)
  • 薬物動態学 (1)

自己紹介

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kappa
普段は医療系のお仕事をしています。UNIXのシンプルな体系に魅了されました。医学や生物に興味を持っています。情報科学、生物学、医学、物理学等の学習内容の備忘録として、このブログを作成しました。
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      • CT・MRIの勉強に使えるソフトを発見(30日お試し)
      • Rのバッチ処理で三角形の面積を計算させてみた。
      • Cで変数の格納
      • 私の専攻はbioinformaticsです。(C language)
      • 正規分布に従う乱数の作成及びプロット。シミュレーション。
      • scatterplod3dで3次元散布図を作成した★
      • perlで塩基配列を扱ってみたよん(^^)
      • BMI, MCV, MCH, MCHCを計算&正常判定をRでやってみた。
      • Windows XPで未割り当て領域にCドライブを拡張してみた!!
      • Windows環境のRで環境変数をいじってRgraphvizのインストールに成功したよ!!♪
      • Gene ontologyのデータをGO.dbで取得したのちネットワークを描かせた♪♪
      • igraphでランダムグラフの作成♪♪
      • igraphで無向グラフを描写する。
      • 辺リストを与えて有向グラフを描く♪
      • igraphで隣接行列を与えて有向グラフを作成してみた!!
      • bioperlを使ってて、塩基配列のアミノ酸への翻訳に成功した!キタ――o(・∀・`o)(o`・∀・...
      • Perlで条件文
      • Rで数式を描写してみた♪高校時代を思い出す絵になった☆
      • igraph(R)によりランダムネットワークを書いてみた!!!!
      • Open Babelによる分子構造エネルギーの計算
      • mol2psによりsdf->psの変換をしたどーーーー♪
      • BKChemをインストール&使ってみた♪
      • 局所配列・大域配列
      • 必見!BioRubyのUbuntuへのインストール方法。
      • BLASTの置換行列を取ってきた☆
      • 二つのアミノ酸配列に対してドットプロットを描写する。ps,pdf,tifの変換も勉強したよ♪
      • perlで変数2
      • maSigProパッケージによる時系列データの処理方法
      • マイクロアレイデータの描写のモデルを作ってみたよん♪
      • マトリックスをもういっちょいくぜ!!!!
      • Rでmatrixを作りまくる!!!
      • Agi4x44Preprocessをいじり倒す!!!!!!!
      • 超大ニュース!!!!!!!!!!
      • beadarrayパッケージを使ったmedian normalization
      • Rでマトリックスをいじり倒した!マイクロアレイの正規化モデルシュミレーション!!!
      • Blastallにチャレンジ。失敗。
      • perlによる四則演算
      • perlで変数代入練習
      • viエディタで行数を表示
      • viエディタでプログラミングにおける色分け
      • seqretで配列を読み込んでからの、primer3!!!
      • EMBOSSのseqretを使いこなして、GENBANKからhomologの配列をまとめてごっそりと...
      • 人のつながり
      • FCとp-valueの関係性をシミュレーションしてみた
      • ExprSetからmatixに変換したのち、FC法やらt検定やらでフィルタリングする方法
      • RMAで正規化したデータをテキスト形式に書き出してみた♪
      • バックグラウンド補正、正規化、有意差解析、ヒートマップの作成一気にやってみた!!
      • バックグランド補正&正規化の方法を検討してみた♪
      • GEOからすでにバックグラウンド補正&の正規化されたテキストファイルをダウンロード
      • 学内無線LANをつないだど!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
      • PLMを用いて、さらに細かくチップを描写した♪
      • チップの蛍光イメージ
      • MAプロットの表示
      • CUIからPCをシャットダウン
      • シェルの中で日時やカレンダーを表示☆
      • Ubuntuでrootユーザーへ昇格する。
    • ►  1月 (28)
「シンプル」テーマ. テーマ画像の作成者: luoman さん. Powered by Blogger.