右上の仮想マシン設定
オプション
共有フォルダ
常に有効
追加で適当なフォルダを追加する。
医療系の仕事をしています。生命の尊さ、美しさがどのようなメカニズムで生じるのかに興味があります。科学の方法論を用いて、このような問いに応えたい、私はこう思って医学生物学の基礎研究のトレーニングを受けてきました。生命を科学的手法を用いて理解を試みる上で、genomeを始めとした種々の大量データの処理が必要不可欠であることを痛感しました。また、生命科学が物理学、数学、統計学、有機化学などの種々の学問と深い関わりを持つことを実感しました。そのため、このブログは広範囲の学問領域に関しての記事を載せています。日々の学習内容を文書に書き残し、それを読み返すことによって、体系化された知識を身に付けることを目標としています。どうぞよろしくお願いします。
仮想マシン:VMwarer PlayerでUbuntuを動かす!!!!!
VMware Playerをまずはダウロードします。ただし、登録がいります。
http://downloads.vmware.com/jp/d/info/desktop_downloads/vmware_player/3_0?ie=UTF-8&q=vmware%20player
ダウンロード&インストールは比較的簡単にいくと思います。
次に、Ubuntuのサイト
http://www.ubuntulinux.jp/products/JA-Localized/download
にいって、isoイメージファイルをダウロードして、どこか適当なディレクトリ(フォルダ)においておきます。
次に、VMwarer Playerを開き、新規仮想マシンの作成をクリック。
先ほどダウンロードしたubuntuのディレクトリにあるisoイメージファイルを選択する。
あとは、ほいほと行きます。
ubuntuは簡易インストールでインストールされることとなります。
そのため、キボードの配置や日本語入力において難点があります。ちょっとした設定変更を要求されます。
まずは、以下のサイトに書いてあることをします。
##################################################################################
Ubuntu日本語フォーラムより引用
https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?pid=60939
##################################################################################
私が行った手順です。不要だったり、追加が必要な作業があるかもしれません。
こうして見るとインストールした後で、vmware tools をインストールした方が楽だし確実かもしれませんね。
1. 日本語Remix で簡易インストールをします。
2. [System]-[Administration]-[Language Support] を開きます。
3. "The language support is not installed completely" という画面が出るので(良くわからないけど)"Install" を選択します。
4. パスワード入力。
5. [Language] タグ内 の[Install / Remove Languages...] に入って、 Japanese にチェックが入っている事を確認したら
[Translations] にチェックを入れて、[Apply Changes] を押します。
6. [Text] タグに入って [Dislpay numbers,date ....] の所を"日本語" にして [Apply System-Wide..] を押す。
下の Example が日本語になったのを確認して下さい。
7. [Language & Text] を閉じます。
8. ログアウトして入りなおすと画面が日本語になっていると思います。
9. [標準フォルダの名前を現在の言語に合わせて更新しますか?] という画面が出ますのでお好みで。
10.[システム]-[設定]-[キーボード] の[レイアウト] タグで "USA" のみになっているので、
[追加] を押して、[レイアウトの選択] が出ます。
11.[国別] タグで [国] で日本語にします。[追加] を押します。
12.[キーボードの設定] の[レイアウト] タグで USA , 日本語 に順に並んでいるので USA を選択します。
13.[削除] するか、[下に移動] して下さい。
14.[キーボードの形式] は適当に。
15.[システム全体に適用] を押してパスワード入力。
16.ログインし直します。
##################################################
次に、キーボードの配置についての設定が必要となります。
「システム」 -> 「設定」 -> 「キーボード」 -> 「レイアウト」
にてアメリカの設定を削除して、新たに日本のキーボードのレイアウトを追加し、
「システム全体に適用」をクリックしてやればOKです(^ ^)
これで、Windowsを引っこ抜いたら怒られてしまう環境であっても、Ubuntuが楽しめます。
ちなみに僕の環境ではデフォルトで、インターネットも使用できました。
http://downloads.vmware.com/jp/d/info/desktop_downloads/vmware_player/3_0?ie=UTF-8&q=vmware%20player
ダウンロード&インストールは比較的簡単にいくと思います。
次に、Ubuntuのサイト
http://www.ubuntulinux.jp/products/JA-Localized/download
にいって、isoイメージファイルをダウロードして、どこか適当なディレクトリ(フォルダ)においておきます。
次に、VMwarer Playerを開き、新規仮想マシンの作成をクリック。
先ほどダウンロードしたubuntuのディレクトリにあるisoイメージファイルを選択する。
あとは、ほいほと行きます。
ubuntuは簡易インストールでインストールされることとなります。
そのため、キボードの配置や日本語入力において難点があります。ちょっとした設定変更を要求されます。
まずは、以下のサイトに書いてあることをします。
##################################################################################
Ubuntu日本語フォーラムより引用
https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?pid=60939
##################################################################################
私が行った手順です。不要だったり、追加が必要な作業があるかもしれません。
こうして見るとインストールした後で、vmware tools をインストールした方が楽だし確実かもしれませんね。
1. 日本語Remix で簡易インストールをします。
2. [System]-[Administration]-[Language Support] を開きます。
3. "The language support is not installed completely" という画面が出るので(良くわからないけど)"Install" を選択します。
4. パスワード入力。
5. [Language] タグ内 の[Install / Remove Languages...] に入って、 Japanese にチェックが入っている事を確認したら
[Translations] にチェックを入れて、[Apply Changes] を押します。
6. [Text] タグに入って [Dislpay numbers,date ....] の所を"日本語" にして [Apply System-Wide..] を押す。
下の Example が日本語になったのを確認して下さい。
7. [Language & Text] を閉じます。
8. ログアウトして入りなおすと画面が日本語になっていると思います。
9. [標準フォルダの名前を現在の言語に合わせて更新しますか?] という画面が出ますのでお好みで。
10.[システム]-[設定]-[キーボード] の[レイアウト] タグで "USA" のみになっているので、
[追加] を押して、[レイアウトの選択] が出ます。
11.[国別] タグで [国] で日本語にします。[追加] を押します。
12.[キーボードの設定] の[レイアウト] タグで USA , 日本語 に順に並んでいるので USA を選択します。
13.[削除] するか、[下に移動] して下さい。
14.[キーボードの形式] は適当に。
15.[システム全体に適用] を押してパスワード入力。
16.ログインし直します。
##################################################
次に、キーボードの配置についての設定が必要となります。
「システム」 -> 「設定」 -> 「キーボード」 -> 「レイアウト」
にてアメリカの設定を削除して、新たに日本のキーボードのレイアウトを追加し、
「システム全体に適用」をクリックしてやればOKです(^ ^)
これで、Windowsを引っこ抜いたら怒られてしまう環境であっても、Ubuntuが楽しめます。
ちなみに僕の環境ではデフォルトで、インターネットも使用できました。
Macportsのインストール
xcodeをインストールした後、
http://svn.macosforge.org/repository/macports/downloads/
のサイトから自分のOSに適したバージョンをダウンロードしてインストールすればOKです(^^)
Panther使ってる自分の場合は、DarwinPorts-1.3.1-10.3.dmgです。
http://svn.macosforge.org/repository/macports/downloads/
のサイトから自分のOSに適したバージョンをダウンロードしてインストールすればOKです(^^)
Panther使ってる自分の場合は、DarwinPorts-1.3.1-10.3.dmgです。
ユーザーのパスワードやホームディレクトリを設定する。
# usermod -d ディレクトリ名 ユーザ名
でいけます。
ちなみにあらたなユーザを作るときにホームディレクトリを設定するには
# useradd -d ディレクトリ名 ユーザ名
です。
ユーザのパスワードを設定するには
# passwd ユーザ名
と入力すれば後は、要求に従って、パスワードを入力するだけです。
でいけます。
ちなみにあらたなユーザを作るときにホームディレクトリを設定するには
# useradd -d ディレクトリ名 ユーザ名
です。
ユーザのパスワードを設定するには
# passwd ユーザ名
と入力すれば後は、要求に従って、パスワードを入力するだけです。
bashのプロンプトを変更する。
$ vim ~\.bash_profile
でbashの設定ファイルを変更
PS1="\w$"
これでで、カレントディレクトと$が連なったものがプロンプトになります。
でbashの設定ファイルを変更
PS1="\w$"
これでで、カレントディレクトと$が連なったものがプロンプトになります。
Mac OSX 10.3 にBioperlをインストール
FinkというMacOS上でUNIXのアプリケーションがコンパイル&実行することができうようになるソフトをまずはインストールします。以下のサイトより。
http://www.finkproject.org/download/index.php?phpLang=ja
次に、
$ perl -v
で現在インストールされているperlのバージョンを調べます。
最後に、
$ fink install bioperl-pm***
***にはperlのバージョンをドットなしの三ケタでいれてください。
結構、時間かかりますけど、無事インストールできると思います。
http://www.finkproject.org/download/index.php?phpLang=ja
次に、
$ perl -v
で現在インストールされているperlのバージョンを調べます。
最後に、
$ fink install bioperl-pm***
***にはperlのバージョンをドットなしの三ケタでいれてください。
結構、時間かかりますけど、無事インストールできると思います。
PATHを設定して、自作のコマンドを遊び倒す!!!
例えば以下のようなシェルスクリプトを書きます。
----- hello.sh -------
#!/bin/bash
echo "Hello, world!!!"
そうしたら、以下のchmodコマンドですべてのユーザに対するファイルの実行権限を与えます。
$ chmod +x hello.sh
つぎに、新たなディレクトリ、/Users/username/bin
を作成し、そこに作成したスクリプトファイルを移動します。
$ makdir /Users/username/bin
$ mv hello.sh /Users/username/bin
つぎに環境変数に、上のパスを追加します。
$ PATH=$PATH :/Users/username/bin
これで、OKです。
/User/username/binにおいてある実行権限の与えられたファイルであれば、ファイル名だけを入力すれば、実行されます。
今回の場合ならば、
$ hello.sh
Hello, world!!!
となるわけです。
今までは、実行ファイルを創っても、./を付与して相対パス指定したり、ルートからの絶対パスを指定しなければ実行できませんでした。今回の一連の設定から、パスの通したディレクトリ直下の実行ファイルであれば、名前だけを入れれば、自動的にbashがファイルを探しに行ってくれて、見つかれば実行してくれる状態になりました(^ ^)
cd やらlsやらの基本コマンドも結局のところ、何かの言語で書かれた実行ファイルがパスの通されたディレクトリに置かれているだけなんですね♪♪
やっと謎がとけた。
----- hello.sh -------
#!/bin/bash
echo "Hello, world!!!"
そうしたら、以下のchmodコマンドですべてのユーザに対するファイルの実行権限を与えます。
$ chmod +x hello.sh
つぎに、新たなディレクトリ、/Users/username/bin
を作成し、そこに作成したスクリプトファイルを移動します。
$ makdir /Users/username/bin
$ mv hello.sh /Users/username/bin
つぎに環境変数に、上のパスを追加します。
$ PATH=$PATH :/Users/username/bin
これで、OKです。
/User/username/binにおいてある実行権限の与えられたファイルであれば、ファイル名だけを入力すれば、実行されます。
今回の場合ならば、
$ hello.sh
Hello, world!!!
となるわけです。
今までは、実行ファイルを創っても、./を付与して相対パス指定したり、ルートからの絶対パスを指定しなければ実行できませんでした。今回の一連の設定から、パスの通したディレクトリ直下の実行ファイルであれば、名前だけを入れれば、自動的にbashがファイルを探しに行ってくれて、見つかれば実行してくれる状態になりました(^ ^)
cd やらlsやらの基本コマンドも結局のところ、何かの言語で書かれた実行ファイルがパスの通されたディレクトリに置かれているだけなんですね♪♪
やっと謎がとけた。
catコマンドの威力を堪能する。
catコマンドの本当の威力は
複数の標準入力の内容を、concatenate(順につなげるの意)するとこにある。
カレントディレクトリに本日のプログラミングの勉強で書き散らかしたpythonのスクリプトの山があって、これらをすべて一つのテキスファイルにまとめたいときは
$ cat *.py > summary.txt
とすれば
summary.txtというファイルが生成される。
同様のことは、たとえば、lessコマンドをつかってもできる。
$ less *.py >summary.2.txt
要するに大事なことは、I/Oの使い方をきちんと押さえておくことだ。
複数の標準入力の内容を、concatenate(順につなげるの意)するとこにある。
カレントディレクトリに本日のプログラミングの勉強で書き散らかしたpythonのスクリプトの山があって、これらをすべて一つのテキスファイルにまとめたいときは
$ cat *.py > summary.txt
とすれば
summary.txtというファイルが生成される。
同様のことは、たとえば、lessコマンドをつかってもできる。
$ less *.py >summary.2.txt
要するに大事なことは、I/Oの使い方をきちんと押さえておくことだ。
lessコマンドを使い倒す!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
今まで、書き溜めたコードやスクリプトを半分放置していて全然、有効活用していなかった。
その理由は、ファイルの中身を一個一個見るのが面倒くさかったから。
lessコマンドとごく簡単な正規表現を組み合せてすぐに解決しました!!
$ less *.c
これで、ファイルをひとつひとつ見ていくことができる。
:n 次のファイルに移動
q ファイルの閲覧を終了する。
ちょっとした応用編
いま、 /home/user/data
として、
$ ls data
1101 1102 1103 1104 1105
となっており、これら月を表すディレクトリの下には数多のperlスクリプトが入っているとする。
このとき正規表現を使って以下のようにコマンドを作成すれば、dataディレクトリの二つ下のディレクトリにあるperlスクリプトがすべて閲覧することができる!!
$ less */*.pl
これはかなりいけるね♪♪♪
その理由は、ファイルの中身を一個一個見るのが面倒くさかったから。
lessコマンドとごく簡単な正規表現を組み合せてすぐに解決しました!!
$ less *.c
これで、ファイルをひとつひとつ見ていくことができる。
:n 次のファイルに移動
q ファイルの閲覧を終了する。
ちょっとした応用編
いま、 /home/user/data
として、
$ ls data
1101 1102 1103 1104 1105
となっており、これら月を表すディレクトリの下には数多のperlスクリプトが入っているとする。
このとき正規表現を使って以下のようにコマンドを作成すれば、dataディレクトリの二つ下のディレクトリにあるperlスクリプトがすべて閲覧することができる!!
$ less */*.pl
これはかなりいけるね♪♪♪
aliasの設定(bash)
普段、頻繁に使うコマンドには、aliasを指定しておきます。
$ alias ls='ls -F'
とすれば、lsと入力したときに、ls-Fと入力したと認識されます。
ただし、この効果が反映されるのは、現在のログインだけです。
もしも、いつログインしても設定が反映されるようにするためには
$ vim ~/.bashu_profile
によって、alias ls='ls-F'を書き足しておく必要があります。
これで、いつでもls-Fをlsと打つだけで、使用可能になります。
$ alias ls='ls -F'
とすれば、lsと入力したときに、ls-Fと入力したと認識されます。
ただし、この効果が反映されるのは、現在のログインだけです。
もしも、いつログインしても設定が反映されるようにするためには
$ vim ~/.bashu_profile
によって、alias ls='ls-F'を書き足しておく必要があります。
これで、いつでもls-Fをlsと打つだけで、使用可能になります。
~(チルダ)の用法
~/filenameでユーザーのホームディレクトリにあるファイル名を指します。
$ vim ~/.vimrc
とやって、vimの設定のためによく謎の編集を行ってきました。
これは、結局のところ、
「ホームディレクトリ(~/)にドットファイル(.vimrc)を作成・編集する」
ということだったんですね!!
実際、
$ ls -a ~/
として、ホームディレクトリのすべての種類のファイルを-aのオプションを使ってのぞいてやると、ドットファイルがうじゃうじゃ出てきます。
$ vim ~/.vimrc
とやって、vimの設定のためによく謎の編集を行ってきました。
これは、結局のところ、
「ホームディレクトリ(~/)にドットファイル(.vimrc)を作成・編集する」
ということだったんですね!!
実際、
$ ls -a ~/
として、ホームディレクトリのすべての種類のファイルを-aのオプションを使ってのぞいてやると、ドットファイルがうじゃうじゃ出てきます。
mac os x 10.3のターミナルでexitコマンドの後端末ウィンドウもデフォルトで閉じるようにする。
bashを開いた状態で上のタスクバーの中の
ターミナル - ウィンドウ設定 - ウィンドウが終了した場合のみ閉じる
でいけます。
ターミナル - ウィンドウ設定 - ウィンドウが終了した場合のみ閉じる
でいけます。
ubuntuで英和辞典
gwaeiっていうソフトが便利です♪
ただし、
$ sudo apt-get instal gwaei
でインストールされてくるものは、辞書の追加ができないので、GUI操作で、
http://sourceforge.jp/projects/sfnet_gwaei/downloads/gwaei/1.4.0/gwaei-1.4.0-1.i386.deb/
にいって、gwaei-1.4.0-1をダウンロード&インストールする必要があります。
インストール完了したら、
$ gwaei&
でバックグラウンドジョブで開けて、まずはなにか辞書をインストールしてください。そしたら、使えます(^ ^)
オフライン環境でもつかえるのでなかなか便利です。用例もしっかりでてきますので♪いつでもどこでもオライリーの原書が読みたい放題ですね♪
ただし、
$ sudo apt-get instal gwaei
でインストールされてくるものは、辞書の追加ができないので、GUI操作で、
http://sourceforge.jp/projects/sfnet_gwaei/downloads/gwaei/1.4.0/gwaei-1.4.0-1.i386.deb/
にいって、gwaei-1.4.0-1をダウンロード&インストールする必要があります。
インストール完了したら、
$ gwaei&
でバックグラウンドジョブで開けて、まずはなにか辞書をインストールしてください。そしたら、使えます(^ ^)
オフライン環境でもつかえるのでなかなか便利です。用例もしっかりでてきますので♪いつでもどこでもオライリーの原書が読みたい放題ですね♪
登録:
投稿 (Atom)