最近、論文を読むのにいちいち紙に印刷しているのがめんどくさくなってきました。
そこで、PDFファイルにキーボードを用いてメモや下線を引きながら文書をよむことのできるソフトがないかと思って探したらありました(^^)
下のソフトです。
Foxit J-Reader Plus 5.0
Rのバッチ処理
R CMD BATCH [options] infile [outfile].
です。
例えば、
$ R CMD BATCH --save infile.txt outfile.txt
のような具合です。
--saveは、プログラム終了時にヒストリーとオブジェクトを保存するオプションです。
です。
例えば、
$ R CMD BATCH --save infile.txt outfile.txt
のような具合です。
--saveは、プログラム終了時にヒストリーとオブジェクトを保存するオプションです。
Rの起動オプション
Rの起動時のオプションの種類を検索するには、R --helpとします。
$ R --help
Usage: R [options] [< infile] [> outfile]
or: R CMD command [arguments]
Start R, a system for statistical computation and graphics, with the
specified options, or invoke an R tool via the 'R CMD' interface.
Options:
-h, --help Print short help message and exit
--version Print version info and exit
--encoding=ENC Specify encoding to be used for stdin
--encoding ENC
RHOME Print path to R home directory and exit
--save Do save workspace at the end of the session
--no-save Don't save it
--no-environ Don't read the site and user environment files
--no-site-file Don't read the site-wide Rprofile
--no-init-file Don't read the user R profile
--restore Do restore previously saved objects at startup
--no-restore-data Don't restore previously saved objects
--no-restore-history Don't restore the R history file
--no-restore Don't restore anything
--vanilla Combine --no-save, --no-restore, --no-site-file,
--no-init-file and --no-environ
--no-readline Don't use readline for command-line editing
--min-vsize=N Set vector heap min to N bytes; '4M' = 4 MegaB
--max-vsize=N Set vector heap max to N bytes;
--min-nsize=N Set min number of cons cells to N
--max-nsize=N Set max number of cons cells to N
--max-ppsize=N Set max size of protect stack to N
-q, --quiet Don't print startup message
--silent Same as --quiet
--slave Make R run as quietly as possible
--interactive Force an interactive session
--verbose Print more information about progress
-d, --debugger=NAME Run R through debugger NAME
--debugger-args=ARGS Pass ARGS as arguments to the debugger
-g, --gui=TYPE Use TYPE as GUI; possible values are 'X11'
(default) and 'Tk'.
--arch=NAME Specify a sub-architecture
--args Skip the rest of the command line
-f, --file=FILE Take input from 'FILE'
-e EXPR Execute 'EXPR' and exit
Commands:
BATCH Run R in batch mode
COMPILE Compile files for use with R
SHLIB Build shared library for dynamic loading
INSTALL Install add-on packages
REMOVE Remove add-on packages
build Build add-on packages
check Check add-on packages
LINK Front-end for creating executable programs
Rprof Post-process R profiling files
Rdconv Convert Rd format to various other formats
Rd2dvi Convert Rd format to DVI
Rd2pdf Convert Rd format to PDF
Rd2txt Convert Rd format to pretty text
Sd2Rd Convert S documentation to Rd format
Stangle Extract S/R code from Sweave documentation
Sweave Process Sweave documentation
Rdiff Diff R output ignoring headers etc
config Obtain configuration information about R
javareconf Update the Java configuration variables
rtags Create Emacs-style tag files from C, R, and Rd files
Please use 'R CMD command --help' to obtain further information about
the usage of 'command'.
Report bugs to.
kon-tetsuo-no-MacBook:~ kappa$ R --help | less
--min-nsize=N Set min number of cons cells to N
--max-nsize=N Set max number of cons cells to N
--max-ppsize=N Set max size of protect stack to N
-q, --quiet Don't print startup message
--silent Same as --quiet
--slave Make R run as quietly as possible
--interactive Force an interactive session
--verbose Print more information about progress
-d, --debugger=NAME Run R through debugger NAME
--debugger-args=ARGS Pass ARGS as arguments to the debugger
-g, --gui=TYPE Use TYPE as GUI; possible values are 'X11'
(default) and 'Tk'.
--arch=NAME Specify a sub-architecture
--args Skip the rest of the command line
-f, --file=FILE Take input from 'FILE'
-e EXPR Execute 'EXPR' and exit
Commands:
BATCH Run R in batch mode
COMPILE Compile files for use with R
SHLIB Build shared library for dynamic loading
INSTALL Install add-on packages
REMOVE Remove add-on packages
build Build add-on packages
check Check add-on packages
LINK Front-end for creating executable programs
Rprof Post-process R profiling files
Rdconv Convert Rd format to various other formats
Rd2dvi Convert Rd format to DVI
Rd2pdf Convert Rd format to PDF
Rd2txt Convert Rd format to pretty text
Sd2Rd Convert S documentation to Rd format
Stangle Extract S/R code from Sweave documentation
Sweave Process Sweave documentation
Rdiff Diff R output ignoring headers etc
config Obtain configuration information about R
javareconf Update the Java configuration variables
rtags Create Emacs-style tag files from C, R, and Rd files
$ R --help
Usage: R [options] [< infile] [> outfile]
or: R CMD command [arguments]
Start R, a system for statistical computation and graphics, with the
specified options, or invoke an R tool via the 'R CMD' interface.
Options:
-h, --help Print short help message and exit
--version Print version info and exit
--encoding=ENC Specify encoding to be used for stdin
--encoding ENC
RHOME Print path to R home directory and exit
--save Do save workspace at the end of the session
--no-save Don't save it
--no-environ Don't read the site and user environment files
--no-site-file Don't read the site-wide Rprofile
--no-init-file Don't read the user R profile
--restore Do restore previously saved objects at startup
--no-restore-data Don't restore previously saved objects
--no-restore-history Don't restore the R history file
--no-restore Don't restore anything
--vanilla Combine --no-save, --no-restore, --no-site-file,
--no-init-file and --no-environ
--no-readline Don't use readline for command-line editing
--min-vsize=N Set vector heap min to N bytes; '4M' = 4 MegaB
--max-vsize=N Set vector heap max to N bytes;
--min-nsize=N Set min number of cons cells to N
--max-nsize=N Set max number of cons cells to N
--max-ppsize=N Set max size of protect stack to N
-q, --quiet Don't print startup message
--silent Same as --quiet
--slave Make R run as quietly as possible
--interactive Force an interactive session
--verbose Print more information about progress
-d, --debugger=NAME Run R through debugger NAME
--debugger-args=ARGS Pass ARGS as arguments to the debugger
-g, --gui=TYPE Use TYPE as GUI; possible values are 'X11'
(default) and 'Tk'.
--arch=NAME Specify a sub-architecture
--args Skip the rest of the command line
-f, --file=FILE Take input from 'FILE'
-e EXPR Execute 'EXPR' and exit
Commands:
BATCH Run R in batch mode
COMPILE Compile files for use with R
SHLIB Build shared library for dynamic loading
INSTALL Install add-on packages
REMOVE Remove add-on packages
build Build add-on packages
check Check add-on packages
LINK Front-end for creating executable programs
Rprof Post-process R profiling files
Rdconv Convert Rd format to various other formats
Rd2dvi Convert Rd format to DVI
Rd2pdf Convert Rd format to PDF
Rd2txt Convert Rd format to pretty text
Sd2Rd Convert S documentation to Rd format
Stangle Extract S/R code from Sweave documentation
Sweave Process Sweave documentation
Rdiff Diff R output ignoring headers etc
config Obtain configuration information about R
javareconf Update the Java configuration variables
rtags Create Emacs-style tag files from C, R, and Rd files
Please use 'R CMD command --help' to obtain further information about
the usage of 'command'.
Report bugs to
kon-tetsuo-no-MacBook:~ kappa$ R --help | less
--min-nsize=N Set min number of cons cells to N
--max-nsize=N Set max number of cons cells to N
--max-ppsize=N Set max size of protect stack to N
-q, --quiet Don't print startup message
--silent Same as --quiet
--slave Make R run as quietly as possible
--interactive Force an interactive session
--verbose Print more information about progress
-d, --debugger=NAME Run R through debugger NAME
--debugger-args=ARGS Pass ARGS as arguments to the debugger
-g, --gui=TYPE Use TYPE as GUI; possible values are 'X11'
(default) and 'Tk'.
--arch=NAME Specify a sub-architecture
--args Skip the rest of the command line
-f, --file=FILE Take input from 'FILE'
-e EXPR Execute 'EXPR' and exit
Commands:
BATCH Run R in batch mode
COMPILE Compile files for use with R
SHLIB Build shared library for dynamic loading
INSTALL Install add-on packages
REMOVE Remove add-on packages
build Build add-on packages
check Check add-on packages
LINK Front-end for creating executable programs
Rprof Post-process R profiling files
Rdconv Convert Rd format to various other formats
Rd2dvi Convert Rd format to DVI
Rd2pdf Convert Rd format to PDF
Rd2txt Convert Rd format to pretty text
Sd2Rd Convert S documentation to Rd format
Stangle Extract S/R code from Sweave documentation
Sweave Process Sweave documentation
Rdiff Diff R output ignoring headers etc
config Obtain configuration information about R
javareconf Update the Java configuration variables
rtags Create Emacs-style tag files from C, R, and Rd files
initコマンドによるランレベルの変更
Debian系においてランレベルは
0 : システムの停止
1 : シングルユーザーモード
2 : デフォルトモード
5 : システム起動
例えば、haltやshutdown -r now
のコマンドを使わずに、ランレベルを0に変更する方法は、以下のようになります。
ルートユーザへの昇格
$ su
ランレベルの確認
# runlevel
N 2
ランレベルを0に変更して、システムを終了する。
# init 0
0 : システムの停止
1 : シングルユーザーモード
2 : デフォルトモード
5 : システム起動
例えば、haltやshutdown -r now
のコマンドを使わずに、ランレベルを0に変更する方法は、以下のようになります。
ルートユーザへの昇格
$ su
ランレベルの確認
# runlevel
N 2
ランレベルを0に変更して、システムを終了する。
# init 0
Rを一時停止させて、再度Rを起動する。
Rを使っているときにちょっとディレクトリ操作をしたいときに、Rをいちいちやめてしまうのは面倒である。
新しいシェルを起動するのも面倒。
そんなときは、Control + z
で一時停止すればよい。
再起動は
$ fg #forward groundの略
これでもとに戻れます。
新しいシェルを起動するのも面倒。
そんなときは、Control + z
で一時停止すればよい。
再起動は
$ fg #forward groundの略
これでもとに戻れます。
Control + K UNIXショートカット
Control + k
をシェルで用いると、
カーソルよりも後の文字が全部消すことができあます。すごく便利。
ほかにも以下のショートカットが使えます。
Control + p 一つ前の履歴
Control + n 一つ後の履歴
Control + a カーソルを文頭に移動
Control + e カーソルを文末に移動
Control + h バックスペースと同等
Control + d でリートします。
をシェルで用いると、
カーソルよりも後の文字が全部消すことができあます。すごく便利。
ほかにも以下のショートカットが使えます。
Control + p 一つ前の履歴
Control + n 一つ後の履歴
Control + a カーソルを文頭に移動
Control + e カーソルを文末に移動
Control + h バックスペースと同等
Control + d でリートします。
Rでヒストグラムを作成。区切りを調整して。
histですぐにつくれます。
さらに区切りを自分で指定してヒストグラムを描写するには、以下のように行う。
hist(オブジェクト,breaks=seq(start,stop,区切り))
このときstart:stopは最小値から最大値の区間を内側に含む必要があります。
さらに、xlimを追加すると、見たい範囲にフォーカスしてみることができます。
hist(オブジェクト,breaks=seq(start,stop,区切り),xlim=c(a,b))
さらに区切りを自分で指定してヒストグラムを描写するには、以下のように行う。
hist(オブジェクト,breaks=seq(start,stop,区切り))
このときstart:stopは最小値から最大値の区間を内側に含む必要があります。
さらに、xlimを追加すると、見たい範囲にフォーカスしてみることができます。
hist(オブジェクト,breaks=seq(start,stop,区切り),xlim=c(a,b))
シェルスクリプトで簡単な計算をする^^
手元で簡単な計算をするときは、exprを使うとすごく便利です。
かけ算や括弧を使うときは記号の前にバックススラッシュ¥をいれなくてはいけないのが難点ですね。
$ expr 3 + 3
6
$ expr 6 / 3
2
$ expr 4 \* 5
20
$ expr \( 4 + 8 \) \* 6
72
かけ算や括弧を使うときは記号の前にバックススラッシュ¥をいれなくてはいけないのが難点ですね。
$ expr 3 + 3
6
$ expr 6 / 3
2
$ expr 4 \* 5
20
$ expr \( 4 + 8 \) \* 6
72
ヒストグラムをマージする。
> a
[1] 3.6733549 2.0964979 3.0578191 3.3848866 2.2321731 1.5372021 3.2570364
[8] 3.0096714 2.0811907 3.0736826 2.9830515 1.9655211 1.6236944 0.5570966
[15] 3.8051724 3.7394164 1.6979833 2.5249300 2.1315488 2.8377696 2.6262853
[22] 1.6636081 2.4337812 4.3043109 0.6420680 2.9023796 3.4974585 2.1955692
[29] 2.7694304 3.4286484 4.5740029 3.0867829 3.5141311 4.2614741 3.4994524
[36] 4.4216530 1.9077288 3.9496659 1.2188855 3.2530465 3.8250476 2.5062853
[43] 1.3137912 3.8042755 2.5910803 4.0694347 1.7310610 2.5695329 0.7099829
[50] 2.7493290 2.5259095 2.5362651 1.6126841 5.0531126 3.2696924 2.2706000
[57] 2.7724084 3.0419279 2.9403198 3.8163018 3.2626065 3.8119257 1.8410985
[64] 2.9244953 2.9789564 1.5516710 3.0739347 2.6266789 3.7997618 3.4434447
[71] 3.2613312 2.8807292 4.0660146 2.2689740 3.0968824 2.2202709 4.6028309
[78] 2.3118259 1.1906384 5.0521038 3.2620226 1.5232411 2.7185332 2.6115882
[85] 3.7125138 2.4887761 2.5080909 2.8311246 2.2069350 3.8966891 2.8455420
[92] 3.6973981 1.8070504 1.9947025 4.4664127 2.0546780 3.4273880 1.7457909
[99] 1.4936952 3.8016075
> b
[1] -4.134144 -3.306181 -4.054554 -3.946141 -4.192023 -2.712701 -3.464084
[8] -4.896416 -2.205163 -2.939116 -3.159373 -2.199980 -2.507629 -2.221705
[15] -1.606201 -1.115522 -2.872009 -2.150897 -3.812835 -2.492953 -1.694000
[22] -1.478684 -3.806212 -2.799230 -3.005081 -3.773754 -1.582478 -4.036486
[29] -4.246356 -2.162980 -2.255924 -4.195940 -3.897398 -1.690358 -1.854960
[36] -3.604445 -3.505798 -1.551523 -4.411737 -3.553468 -1.490395 -2.852557
[43] -1.864107 -2.773118 -3.719723 -3.776232 -2.632725 -1.164422 -4.968988
[50] -2.241084 -1.706101 -2.205303 -3.946153 -3.145719 -3.209761 -2.703878
[57] -2.904665 -4.341992 -3.728479 -2.759898 -2.193844 -1.475450 -3.278501
[64] -2.812560 -2.894497 -1.898953 -4.899581 -2.649229 -3.229953 -2.713525
[71] -1.392737 -3.047104 -3.758222 -2.624436 -5.149499 -4.368148 -1.329522
[78] -2.484047 -4.539421 -3.385670 -3.045505 -4.533926 -3.210328 -1.879037
[85] -3.324745 -3.075046 -4.099899 -1.614997 -3.089391 -2.219660 -3.098115
[92] -1.604445 -2.464664 -2.617909 -1.781988 -3.817595 -4.564343 -4.926086
[99] -3.179107 -3.962524
> png("merge.png")
> #axeは軸を入れるかどうかのオプション。最初のヒストグラムにはいれない。ただし、表示領域を固定しておくこと。でないと、次のヒストグラムとずれてします。
> hist(a, ann=T,axe=F,xlim=c(-10,10),ylim=c(0,20),col="red",density=5)
> #これでマージしてくれます。
> par(new=T)
#今度は座標情報を入れます。
> hist(b, ann=T,axe=T,xlim=c(-10,10),ylim=c(0,20),col="green",density=5)
> dev.off()
[1] 3.6733549 2.0964979 3.0578191 3.3848866 2.2321731 1.5372021 3.2570364
[8] 3.0096714 2.0811907 3.0736826 2.9830515 1.9655211 1.6236944 0.5570966
[15] 3.8051724 3.7394164 1.6979833 2.5249300 2.1315488 2.8377696 2.6262853
[22] 1.6636081 2.4337812 4.3043109 0.6420680 2.9023796 3.4974585 2.1955692
[29] 2.7694304 3.4286484 4.5740029 3.0867829 3.5141311 4.2614741 3.4994524
[36] 4.4216530 1.9077288 3.9496659 1.2188855 3.2530465 3.8250476 2.5062853
[43] 1.3137912 3.8042755 2.5910803 4.0694347 1.7310610 2.5695329 0.7099829
[50] 2.7493290 2.5259095 2.5362651 1.6126841 5.0531126 3.2696924 2.2706000
[57] 2.7724084 3.0419279 2.9403198 3.8163018 3.2626065 3.8119257 1.8410985
[64] 2.9244953 2.9789564 1.5516710 3.0739347 2.6266789 3.7997618 3.4434447
[71] 3.2613312 2.8807292 4.0660146 2.2689740 3.0968824 2.2202709 4.6028309
[78] 2.3118259 1.1906384 5.0521038 3.2620226 1.5232411 2.7185332 2.6115882
[85] 3.7125138 2.4887761 2.5080909 2.8311246 2.2069350 3.8966891 2.8455420
[92] 3.6973981 1.8070504 1.9947025 4.4664127 2.0546780 3.4273880 1.7457909
[99] 1.4936952 3.8016075
> b
[1] -4.134144 -3.306181 -4.054554 -3.946141 -4.192023 -2.712701 -3.464084
[8] -4.896416 -2.205163 -2.939116 -3.159373 -2.199980 -2.507629 -2.221705
[15] -1.606201 -1.115522 -2.872009 -2.150897 -3.812835 -2.492953 -1.694000
[22] -1.478684 -3.806212 -2.799230 -3.005081 -3.773754 -1.582478 -4.036486
[29] -4.246356 -2.162980 -2.255924 -4.195940 -3.897398 -1.690358 -1.854960
[36] -3.604445 -3.505798 -1.551523 -4.411737 -3.553468 -1.490395 -2.852557
[43] -1.864107 -2.773118 -3.719723 -3.776232 -2.632725 -1.164422 -4.968988
[50] -2.241084 -1.706101 -2.205303 -3.946153 -3.145719 -3.209761 -2.703878
[57] -2.904665 -4.341992 -3.728479 -2.759898 -2.193844 -1.475450 -3.278501
[64] -2.812560 -2.894497 -1.898953 -4.899581 -2.649229 -3.229953 -2.713525
[71] -1.392737 -3.047104 -3.758222 -2.624436 -5.149499 -4.368148 -1.329522
[78] -2.484047 -4.539421 -3.385670 -3.045505 -4.533926 -3.210328 -1.879037
[85] -3.324745 -3.075046 -4.099899 -1.614997 -3.089391 -2.219660 -3.098115
[92] -1.604445 -2.464664 -2.617909 -1.781988 -3.817595 -4.564343 -4.926086
[99] -3.179107 -3.962524
> png("merge.png")
> #axeは軸を入れるかどうかのオプション。最初のヒストグラムにはいれない。ただし、表示領域を固定しておくこと。でないと、次のヒストグラムとずれてします。
> hist(a, ann=T,axe=F,xlim=c(-10,10),ylim=c(0,20),col="red",density=5)
> #これでマージしてくれます。
> par(new=T)
#今度は座標情報を入れます。
> hist(b, ann=T,axe=T,xlim=c(-10,10),ylim=c(0,20),col="green",density=5)
> dev.off()
R:ヒストグラムのx軸、y軸の範囲を指定する。
ヒストグラムや箱ひげ図を書いた時に、プロットの存在する全領域（はずれ値も含む）が見えるように表示されるため、しばしば困ることがあります。そこで、以下のようにします。
> hist(object, xlim=c(a,b), ylim=c(c,d))
これでおっけいです(^^)
> hist(object, xlim=c(a,b), ylim=c(c,d))
これでおっけいです(^^)
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