Bioinformaticsのお勉強

スパコンにまつわる統計

スパコンの計算速度を基準としたランキングは、世間をにぎわせています。
このランキングは、Top500(http://www.top500.org/)にて閲覧、データダウンロードが可能です。

今回はこのサイトで実装されている解析機能を利用してスパコンに関する様々な統計(http://www.top500.org/statistics/list/)について見てみたいと思います。

/*----------------まずは2012年度のデータについて-----------------*/
http://www.top500.org/statistics/list/
#1.スパコンのベンダーについて(2012年)
巨人IBMがやはり最強といったところでしょうか。Fujitsu応援しています。

#2.OSについて(2012年)

Linuxが90%以上の圧倒的なシェアを占めています。Linuxはソースコードがオープンであるために、細かいチューニングが可能であり、ハイエンドユーザーにとって理想的なOSであるからだと考えられます。

#3.国別シェア

国別シェアでは予想されるようにアメリカが半分を占めています。中国がその次に来ていて日本は世界第3位です。GDPの順番を見ているような気持ちになります。

/*----------------各種データの経時的変化について(Development Over Time)-----------------*/

http://www.top500.org/statistics/overtime/

#4.ベンダーシェアの経時的変化

2008年頃からkaraIBMとHPが急速にシェアをのばしていることがわかります。Cray Inc.やSGIは一方でシェアを奪われてしまったようです。

#5.OSのシェアについて

ここ20年間の間でスパコンのOSはUNIX系OS(Unix, BSD, Linux)が圧倒的な地位を占めてきたことがわかります。その中でも面白いのがLinuxの急速な拡大です。Linuxは1991年に開発が開始されたとされていますが、それから10年もしないうちにスパコンで使用されるようになり、現在では90%を超えるスパコンに使用されていることがわかります。

Mac OS XのFilesystem Hierarchy

Mac OS XはUNIXベースのOSであることは周知の事実である。
Mac OS XはUNIXベースでありながら、Filesystem HierarchyはLinuxのそれとは若干異なっている。
詳しくは、
https://developer.apple.com/library/mac/#documentation/Darwin/Reference/ManPages/man7/hier.7.html
で確認することができる。
今回の環境はv10.6なので
https://developer.apple.com/library/mac/#documentation/Darwin/Reference/ManPages/10.6/man7/hier.7.html
が適している。

Terminal上でもMacのFilesystem Hierarchyの仕様は確認が可能である。

まず、実際のルート直下のディレクトリ構成を確認してみる。

$ ls /
Applications Library System Volumes cores etc mach_kernel private tmp var Developer Network Users bin dev home net sbin usr

manコマンドでhierを参照すると、各ディレクトリおよびファイルの内容が詳しく表記されている。

$ man hier

------------------------------------ここから-------------------------------

HIER(7) BSD Miscellaneous Information Manual HIER(7)

NAME

h hi ie er r -- layout of filesystems

DESCRIPTION

A historical sketch of the filesystem hierarchy.

http://developer.apple.com/documentation/MacOSX/Conceptual/BPFileSystem/ outlines the modern Mac OS X filesystem.

/ root directory of the filesystem

/bin/ user utilities fundamental to both single-user and multi-

user environments

--------------------------------------以下省略-----------------------------

実際にはHIER(7)をベースとして大分変更がなされており、http://osxdaily.com/2007/03/30/mac-os-x-directory-structure-explained/で説明されているような構造となっている。

例のごとくFreemindを用いてMacのファイルシステムの階層を整理すると以下のようになる。

Filesystem Hierarchy Standard(FHS)

今回は、UNIX系OSのファイルシステムの標準規格であるFilesystem Hierarchy Standard(FHS) http://www.pathname.com/fhs/ について勉強しました。
FHSの目標はabstractにある以下の文章によって表現されています。

"This standard consists of a set of requirements and guidelines for ﬁle and directory placement under UNIX-like operating systems. The guidelines are intended to support interoperability of applications, system administration tools, development tools, and scripts as well as greater uniformity of documentation for these systems."

要するに、UNIXのファイルやディレクトリに関しての標準規格を定めることで、異なるUNIXシステム間の互換性を高めようと意図しているようです。

Freemindを用いてFHSの定めるファイルシステムの階層構造を表現してみました。

FHSの定める階層構造は、大変洗練されており、情報科学以外の他の学問領域にも応用が効くように思います。

【参考文献】
Filesystem Hierarchy Standard — Version 2.2 ﬁnal Filesystem Hierarchy Standard Group edited by Rusty Russell and Daniel Quinlan http://www.pathname.com/fhs/

UNIXコマンドのまとめ

UNIXコマンドをFreemindを用いて系統的にまとめました。

【参考文献】
林晴比古『Linux/UNIX入門』2000 SOFT BANK Publishing v - xx pp

Freemindで生物情報を階層化して整理

生物学の情報を整理する時は、「階層化」という方法を頻繁に用います。
今回は、Freemindというツールを用いて医学生物学の種々の学問領域間の関係性を描写してみました。

#インストールは下のサイトからインストラーをダウンロード
http://freemind.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page

#Mac版のショートカットキーはこちら
http://freemind.asia/faqs/mac/mac-keys.html

ショートカットキーに関しては、

並列にノードを足す：Enter
直列にノードを足す：Tab
ノードを上下左右に向けて動かす：Command + 矢印キー
ノードの削除：delete
新しいファイルを作成：Command + n
ファイルを保存：Command + s

のことを知っておけば、基本的にはキーボードだけで操作できます。

File -> Export で好きなファイル形式で書き出すことが可能です。