ウィーン大学で生命科学者をしている今鉄男と申します。生命の尊さ、美しさがどのようなメカニズムで生じるのかに興味があります。科学の方法論を用いて、このような問いに応えたい、私はこう思って医学生物学の基礎研究のトレーニングを受けてきました。生命を科学的手法を用いて理解を試みる上で、genomeを始めとした種々の大量データの処理が必要不可欠であることを痛感しました。また、生命科学が物理学、数学、統計学、有機化学などの種々の学問と深い関わりを持つことを実感しました。そのため、このブログは広範囲の学問領域に関しての記事を載せています。日々の学習内容を文書に書き残し、それを読み返すことによって、体系化された知識を身に付けることを目標としています。どうぞよろしくお願いします。
Rのバッチ処理で三角形の面積を計算させてみた。
$ vim triangle.R
takasa <- 30
teihen <- 4
menseki <- takasa * teihen /2
menseki
$ R CMD BATCH triangle.R triangle_R.txt
$ cat triangle_R.txt
R version 2.10.1 (2009-12-14)
Copyright (C) 2009 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Rは、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます。
配布条件の詳細に関しては、'license()'あるいは'licence()'と入力してください。
Rは多くの貢献者による共同プロジェクトです。
詳しくは'contributors()'と入力してください。
また、RやRのパッケージを出版物で引用する際の形式については
'citation()'と入力してください。
'demo()'と入力すればデモをみることができます。
'help()'とすればオンラインヘルプが出ます。
'help.start()'でHTMLブラウザによるヘルプがみられます。
'q()'と入力すればRを終了します。
> takasa <- 30
> teihen <- 4
> menseki <- takasa * teihen /2
> menseki
[1] 60
>
>
> proc.time()
ユーザ システム 経過
0.460 0.052 1.309
takasa <- 30
teihen <- 4
menseki <- takasa * teihen /2
menseki
$ R CMD BATCH triangle.R triangle_R.txt
$ cat triangle_R.txt
R version 2.10.1 (2009-12-14)
Copyright (C) 2009 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Rは、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます。
配布条件の詳細に関しては、'license()'あるいは'licence()'と入力してください。
Rは多くの貢献者による共同プロジェクトです。
詳しくは'contributors()'と入力してください。
また、RやRのパッケージを出版物で引用する際の形式については
'citation()'と入力してください。
'demo()'と入力すればデモをみることができます。
'help()'とすればオンラインヘルプが出ます。
'help.start()'でHTMLブラウザによるヘルプがみられます。
'q()'と入力すればRを終了します。
> takasa <- 30
> teihen <- 4
> menseki <- takasa * teihen /2
> menseki
[1] 60
>
>
> proc.time()
ユーザ システム 経過
0.460 0.052 1.309
Cで変数の格納
$ vim practice2.c
a
#include <stdio.h>
int main(void)
{
int suti1, suti2, suti3;
suti1 = 10;
suti2 = 20;
suti3 = 30;
printf("suti1の値は%dです。suti2値は%dです。suti3の値は%dです\n", suti1, suti2, suti3);
return 0;
}
Esc
:wq
$ gcc -o practice2 practice2.c
$ ./practice2
suti1の値は10です。suti2値は20です。suti3の値は30です
int型変数suti1,suti2,suti3を宣言してから、各々に整数を格納し、print関数によって表示させた。
a
#include <stdio.h>
int main(void)
{
int suti1, suti2, suti3;
suti1 = 10;
suti2 = 20;
suti3 = 30;
printf("suti1の値は%dです。suti2値は%dです。suti3の値は%dです\n", suti1, suti2, suti3);
return 0;
}
Esc
:wq
$ gcc -o practice2 practice2.c
$ ./practice2
suti1の値は10です。suti2値は20です。suti3の値は30です
int型変数suti1,suti2,suti3を宣言してから、各々に整数を格納し、print関数によって表示させた。
私の専攻はbioinformaticsです。(C language)
$ vim practice1.c
a
#include<stdio.h>
int main(void)
{
printf("私の専攻は\n");
printf("Bioinformaticsです\n");
return 0;
}
Esc
:wq
$ gcc -o practice1 practice1.c
$ ./practice1
私の専攻は
Bioinformaticsです
a
#include<stdio.h>
int main(void)
{
printf("私の専攻は\n");
printf("Bioinformaticsです\n");
return 0;
}
Esc
:wq
$ gcc -o practice1 practice1.c
$ ./practice1
私の専攻は
Bioinformaticsです
正規分布に従う乱数の作成及びプロット。シミュレーション。
$ R
install.packages("scatterplot3d")
library(scatterplot3d)
a <- rnorm(10) # 正規分布に従う乱数を10個生成
b <- rnorm(10) # 正規分布に従う乱数を10個生成
c <- rnorm(10) # 正規分布に従う乱数を10個生成
d <- rnorm(100) # 正規分布に従う乱数を100個生成
e <- rnorm(100) # 正規分布に従う乱数を100個生成
f <- rnorm(100) # 正規分布に従う乱数を100個生成
g <- rnorm(1000) # 正規分布に従う乱数を1000個生成
h <- rnorm(1000) # 正規分布に従う乱数を1000個生成
i <- rnorm(1000) # 正規分布に従う乱数を1000個生成
x <- rnorm(10000) # 正規分布に従う乱数を10000個生成
y <- rnorm(10000) # 正規分布に従う乱数を10000個生成
z <- rnorm(10000) # 正規分布に従う乱数を10000個生成
png("110217.rnorm.png")
par(mfrow = c(2,2))
scatterplot3d(a,b,c)
scatterplot3d(d,e,f)
scatterplot3d(g,h,i)
scatterplot3d(x,y,z)
dev.off()
う~ん。胸が熱くなる。
install.packages("scatterplot3d")
library(scatterplot3d)
a <- rnorm(10) # 正規分布に従う乱数を10個生成
b <- rnorm(10) # 正規分布に従う乱数を10個生成
c <- rnorm(10) # 正規分布に従う乱数を10個生成
d <- rnorm(100) # 正規分布に従う乱数を100個生成
e <- rnorm(100) # 正規分布に従う乱数を100個生成
f <- rnorm(100) # 正規分布に従う乱数を100個生成
g <- rnorm(1000) # 正規分布に従う乱数を1000個生成
h <- rnorm(1000) # 正規分布に従う乱数を1000個生成
i <- rnorm(1000) # 正規分布に従う乱数を1000個生成
x <- rnorm(10000) # 正規分布に従う乱数を10000個生成
y <- rnorm(10000) # 正規分布に従う乱数を10000個生成
z <- rnorm(10000) # 正規分布に従う乱数を10000個生成
png("110217.rnorm.png")
par(mfrow = c(2,2))
scatterplot3d(a,b,c)
scatterplot3d(d,e,f)
scatterplot3d(g,h,i)
scatterplot3d(x,y,z)
dev.off()
う~ん。胸が熱くなる。
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