たとえば以下のようなファイルがあったとします(マイクロアレイなどのデータを想定しています)
$ cat example.txt 
aaa
bbb
aaa
ccc
ddd
ccc
eee
fff
ggg
aaa
このファイルの中の重複行をカウントしたいと思います。
それには、sortコマンドでソートをかけたあとに、uniqコマンドにオプション-cを与えて実行します。すると以下のようになります。
$ sort example.txt  | uniq -c
   3 aaa
   1 bbb
   2 ccc
   1 ddd
   1 eee
   1 fff
   1 ggg
これはなかなか楽しめますね(^^)