seqretで配列を読み込んでからの、primer3!!!

$ seqret　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　#seqretと入力するのが合言葉


Reads and writes (returns) sequences
Input (gapped) sequence(s): refseq:NM_033338    #refseqのNM_000546を取ってきてっていう思いを込める。
output sequence(s) [nm_033338.fasta]:           #Enterを押す！！

seqret refseq:NM_033338 -outseq casp7.nt
Reads and writes (returns) sequences


$ eprimer3
Picks PCR primers and hybridization oligos
Input nucleotide sequence(s): casp7.nt     #上のファイルを指定

Whitehead primer3_core program output file [nm_033338.eprimer3]: casp7.eprimer3  #書き出すファイル名を指定



$ cat casp7.eprimer3

# EPRIMER3 RESULTS FOR NM_033338

#                      Start  Len   Tm     GC%   Sequence

   1 PRODUCT SIZE: 200
     FORWARD PRIMER     260   20  59.74  60.00  GAGCGACGGAGAGAGACTGT

     REVERSE PRIMER     440   20  60.07  50.00  CAACCCCCTGCTCTTCAATA


   2 PRODUCT SIZE: 200
     FORWARD PRIMER    1068   20  59.72  55.00  GCTGACTTCCTCTTCGCCTA

     REVERSE PRIMER    1248   20  60.09  50.00  TGGAAGTGTGGGTCATCAGA


   3 PRODUCT SIZE: 196
     FORWARD PRIMER     659   20  60.00  55.00  AGTGACAGGTATGGGCGTTC

     REVERSE PRIMER     835   20  60.18  50.00  TCCATGGCTTAAGAGGATGC


   4 PRODUCT SIZE: 197
     FORWARD PRIMER    2047   20  59.76  50.00  ATCATCCAGAGGAGCTGGAA

     REVERSE PRIMER    2224   20  59.98  55.00  ATAGGCCTGGGCAGTAAGGT


   5 PRODUCT SIZE: 200
     FORWARD PRIMER    2047   20  59.76  50.00  ATCATCCAGAGGAGCTGGAA

     REVERSE PRIMER    2227   20  60.23  55.00  CAGATAGGCCTGGGCAGTAA



なんかすごく充実した気分になるな☆
コマンドに慣れてくるとやめられなくなる♪