医用画像の読影ソフト - Osilix

今回は、医用画像の読影ソフトであるOsilixをご紹介します。
http://www.osirix-viewer.com/index.html


OsilixはCTやMRIなどの医用画像データの標準フォーマットであるDICOMファイルを扱うことのできるビュアです。32bitと64bitの二つのタイプが提供されており、前者はGPLで提供されていますので、いますぐ無料で使う事ができます。

また、上記ホームページには、DICOMファイルのサンプルが多数置いてあるので、それをダウンロードして閲覧している大変勉強になります。


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発生生物学のバーチャルスライド

発生生物学のバーチャルスライドの掲載しているページを二つご紹介します。

#1. The virtual human embryo(http://www.ehd.org/virtual-human-embryo/)
ヒトの胎児の各発生段階のバーチャルスライドを見る事ができます。




#2. UNSW Embryology - Embryo virtual slides(https://embryology.med.unsw.edu.au/embryology/index.php/Embryo_Virtual_Slides#Stage_20)
stage22のヒトの胎児の発色のよいHE染色標本を見る事ができます。


#3. BrainMaps.org - Nissl, Rattus(http://brain-maps.org/index.php?action=viewslides&datid=89)
BrainMapsのサイトにちゃっかり、ラット胎児ののNissl染色標本のバーチャルスライドが掲載されていました。




#4. Zebrafish atral at the Jake Gittlen Cancer Research Foundation(http://zfatlas.psu.edu/search.php)
Zebrafishだけでなくて、マウスのembryoも掲載されていました。

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脳解剖のデータベース


Whole Slide Imaging Repository
に、組織学のデータベースが紹介されていたので、勉強してみました。

#1. BrainMaps

このなかでも、 BrainMaps(http://brain-maps.org)がすこぶる勉強になりました。
ヒトを含む様々な動物の脳の様々なスライドを見ることができます。レスポンスも早く快適です。中枢系の研究者に有用です。



#2.Michigan state university brain biodiversity bank - The Human Brain Atlas (https://www.msu.edu/~brains/brains/human/index.html)

Sagital, Coronal, Horizontal(axial)のすべてのスライスについてバーチャルスライドをみることができます。
他の動物のものも見る事ができる。



#3. The human brain.info(http://www.thehumanbrain.info//index.php)
このサイトのコンセプトも上の二つと同じ。ただし、詳細なアノテーションが付けられていることと、固定標本がみれる点が良い。


#4. Zoomable Human Brain Atlas(http://zoomablebrain.bio.uci.edu)
このサイトがもっともわかりやすいです。Fiber stainとNissl stainの両方があります、Coronal, horizontal, sagitalの3セクションも載っています。




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KeyRemap4MacBookはKarabinerに名前変更

KeyRemap4MacBookはKarabinerと名前を変えました。

https://pqrs.org/osx/karabiner/

英語のキーボードで日本語入力するときや、かなキーをcommandキーとして併用したいときの必需品です。
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Macのハードディスクのお掃除

Macを長く使っていくと、ディレクトリのいろいろなところに不要なファイルがたまり込んでいきます（Windowsも同じかもしれませんが）。

DiskWave
http://diskwave.barthe.ph

というアプリを使うと、GUIベースで簡単に、どのディレクトリが容量を消費しているのかが可視化できます。
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