sanger instituteからgenome assemblyをとってくる

zebrafishのgenome assembly(zv9)を取ってこようと思う。

ftpサーバーにログインするにはlftpにftpサーバーのアドレスを与えれればよい。

$ lftp ftp.ensembl.org

#ftpサーバーのdirectoryの変更

> cd /pub/assembly/zebrafish/Zv9release

#ftpサーバー上のファイルの確認


> ls


-rw-r--r--   1 ftpuser  ftpusers       1014 Jul 22  2010 README
-rw-r--r--   1 ftpuser  ftpusers     788610 Jul 22  2010 Zv9_chr.agp.gz
-rw-r--r--   1 ftpuser  ftpusers  451494537 Jul 22  2010 Zv9_contigs.fa.gz
-rw-r--r--   1 ftpuser  ftpusers     843475 Jul 22  2010 Zv9_scaffold.agp.gz
-rw-r--r--   1 ftpuser  ftpusers  421808174 Jul 22  2010 Zv9_scaffolds.fa.gz
-rw-r--r--   1 ftpuser  ftpusers  421723082 Jul 22  2010 Zv9_toplevel.fa.gz
-rw-r--r--   1 ftpuser  ftpusers        262 Jul 22  2010 md5sum.dat


ftpサーバーからファイルのダウンロードを実行

> get Zv9_scaffolds.fa.gz