様々なoligonucleotideが縦に並んだファイルに対して、各々をblast形式にする。

題名がうまくつけられませんね(^^;)

awkの使い道を書いてみたかっただけ。

とにかくコードをみてください笑

$ vim test.txt

aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
ccccccccccccccccccccccccccccccccccc
gggggggggggggggggg
ttttttttttttttttttttttttt

#awkによる処理を行う。

$ awk '{print ">query" ++count; print$0;}' test.txt

>query1
aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
>query2
ccccccccccccccccccccccccccccccccccc
>query3
gggggggggggggggggg
>query4
ttttttttttttttttttttttttt

これはすこぶる便利だな。