#embossのインストール
$ sudo apt-get install emboss
#データベースの設定
$ sudo cp /usr/share/EMBOSS/emboss.default.template /usr/share/EMBOSS/emboss.default
#データベースの確認
$ showdb
# 設定ファイル(/usr/share/EMBOSS/emboss.default)の中で文頭に"#"がついているデータベースを"#"を削除することで有効化する。
$ sudo vim /usr/share/EMBOSS/emboss.default
#データベースの確認
$ showdb
# embossのseqretを使って、swissprotから、登録されている様々な種のp53タンパクの配列をとってくる。
$ seqret
Reads and writes (returns) sequences
Input (gapped) sequence(s): swissprot:p53_*
output sequence(s) [p53_barbu.fasta]: p53_swissprot.txt
#p53_swissprot.txtの中身を見る
$ less p53_swissprot.txt
#clustalwのインストール
$ sudo apt-get install clustalw
# clustalwによるマルティプルアラインメント
$ clustalw p53_swissprot.txt
#カレントディレクトリに出力ファイルができている。
$ ls
p53_swissprot.aln p53_swissprot.dnd p53_swissprot.txt
#結果を見てみる。
$ less p53_swissprot.aln
#マルティプルアラインメントの結果を美しく表示する(EMBOSSのprettyplot)
$ prettyplot p53_swissprot.aln
Draw a sequence alignment with pretty formatting
Graph type [x11]: ps #ここでpsを入力してpostscriptを作成させる
Created prettyplot.ps
#ポストスクリプトファイルをpdfファイルに変換
$ ls
p53_swissprot.aln p53_swissprot.dnd p53_swissprot.txt prettyplot.ps
$ sudo apt-get install ps2dpf
$ ps2dpf p53_swissprot.ps
$ ls
p53_swissprot.aln p53_swissprot.dnd p53_swissprot.txt prettyplot.pdf prettyplot.ps #pdfファイルができてる！！！！
#コマンドからpdfファイルを閲覧
$ xdpf prettyplot.pdf
#ブログにはpng, jpg, gifでしか貼れないのでpdfファイルをpngファイルに変換する。
$ sudo apt-get install imagemagick b #imagemagicのインストール
$ convert prettyplot.pdf prettyplot.png
$ ls
p53_swissprot.aln prettyplot-1.png prettyplot-5.png prettyplot.pdf
p53_swissprot.dnd prettyplot-2.png prettyplot-6.png prettyplot.ps
p53_swissprot.txt prettyplot-3.png prettyplot-7.png
prettyplot-0.png prettyplot-4.png prettyplot-8.png
#もとのpdfファイルが複数のページを持っていたので、ファイルもpngファイルも複数せ生成された。
