医療系の仕事をしています。生命の尊さ、美しさがどのようなメカニズムで生じるのかに興味があります。科学の方法論を用いて、このような問いに応えたい、私はこう思って医学生物学の基礎研究のトレーニングを受けてきました。生命を科学的手法を用いて理解を試みる上で、genomeを始めとした種々の大量データの処理が必要不可欠であることを痛感しました。また、生命科学が物理学、数学、統計学、有機化学などの種々の学問と深い関わりを持つことを実感しました。そのため、このブログは広範囲の学問領域に関しての記事を載せています。日々の学習内容を文書に書き残し、それを読み返すことによって、体系化された知識を身に付けることを目標としています。どうぞよろしくお願いします。
perlでpeptideを記入したファイルを読み込んでシェルに表示させるプログラムを書いた♪
$ vim 110305_test.pep
a
1 DDKLEGLFLKCGGIDEMQSS
Esc
;wq
$ vim 110305_test.perl
a
1 use strict;
2 use warnings;
3
4 #Reading protein sequence data from a file
5
6 #The filename of the file containing the protein sequence data
7 my $proteinfilename = '110305_test.pep';
8
9 #First we have to #open" the file, and associate
10 #a "filehandle" with it. We choose the filehandle
11 #PROTEINFILE for readability.
12 open(PROTEINFILE, $proteinfilename);
13
14 #Now we do the actual reading of the protein sequence data fromj the file,
15 #by using the angle brackets <and> to get teh input from the
16 #filehandle. We store the data into our variable $protein.
17 my $protein = <PROTEINFILE>;
18
19 #Now that we've got our data, we can close the file.
20 close PROTEINFILE;
21
22 #Print the protein onto the screen
23 print "Here is the protein:\n\n";
24
25 print $protein;
Esc
:wq
$ perl 110305_test perl
Here is the protein:
DDKLEGLFLKCGGIDEMQSS
うん。美しい♪♪