Mac OS XにEMBOSSをインストール

UNIX環境における配列解析の定番ソフト「EMBOSS」をビルドしてみます。

#ソースコードのダウンロード
ftp ftp://emboss.open-bio.org
> cd pub
> cd EMBOSS
> get EMBOSS-6.5.7.tar.gz
> quit

#解凍
$ tar xzvf EMBOSS-6.5.7.tar.gz
$ cd EMBOSS-6.5.7

#configureスクリプトを実行
$ ./configure
#コンパイル
$ make
#インストール
$ sudo make install

#試しに、embleからxlrhodopの塩基配列(Xenopus laevis rhodopsin mRNA, complete cds)を取得する。

$ seqret
Read and write (return) sequences
Input (gapped) sequence(s): embl:xlrhodop
output sequence(s) [l07770.fasta]:
kappa-no-MacBook:120806 kappa$ ls
l07770.fasta

>L07770 L07770.1 Xenopus laevis rhodopsin mRNA, complete cds.
ggtagaacagcttcagttgggatcacaggcttctagggatcctttgggcaaaaaagaaac
acagaaggcattctttctatacaagaaaggactttatagagctgctaccatgaacggaac
agaaggtccaaatttttatgtccccatgtccaacaaaactggggtggtacgaagcccatt
cgattaccctcagtattacttagcagagccatggcaatattcagcactggctgcttacat
gttcctgctcatcctgcttgggttaccaatcaacttcatgaccttgtttgttaccatcca
gcacaagaaactcagaacacccctaaactacatcctgctgaacctggtatttgccaatca
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