Bioinformaticsのお勉強

ウィーン大学で生命科学者をしている今鉄男と申します。生命の尊さ、美しさがどのようなメカニズムで生じるのかに興味があります。科学の方法論を用いて、このような問いに応えたい、私はこう思って医学生物学の基礎研究のトレーニングを受けてきました。生命を科学的手法を用いて理解を試みる上で、genomeを始めとした種々の大量データの処理が必要不可欠であることを痛感しました。また、生命科学が物理学、数学、統計学、有機化学などの種々の学問と深い関わりを持つことを実感しました。そのため、このブログは広範囲の学問領域に関しての記事を載せています。日々の学習内容を文書に書き残し、それを読み返すことによって、体系化された知識を身に付けることを目標としています。どうぞよろしくお願いします。

生物界の分類をFreemindで整理してみた!

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【参考文献】 井出利憲「分子生物学講義中継 生物の多様性と進化の驚異」羊土社 2010 32pp

GNU/Linuxをソースコードからビルドする手順

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私たちが普段、Linuxと読んでいるものの実態は実は、Linux kernel + GNU softwareの複合環境なのです。図で示しますと下のようになります。 したがって、GNUの人々はこのような環境のことをGNU/Linuxと呼ぶように主張しています。確かに一理...

Linuxの起動プロセス

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Linuxの起動プロセスの知識は、トラブルが生じた時やkernelやその他環境をソースコードからコンパイルして組み合わせていく時に、重要となります。 【参考文献】 http://jibun.atmarkit.co....

Linuxにおけるプロセスの階層性

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LinuxシステムではinitのいうPID 1のプロセスの子プロセスという形ですべてのプログラムが生成されます(forkの繰り返し)。 pstreeというコマンドを使用するとプロセスツリーをきれいに表示することができます。 $ pstree ご覧...

Macにおけるプロセスの階層性

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Linuxのプロセスはinitを1番の親プロセスとして子プロセスが再帰的に生成される形態を取っています。 Mac OS Xも同様のシステムを採用しています。 まずは、Macのプロセスの階層性を確認してみます。 #pstreeのインストール $  wget ftp://...
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生命科学系の研究者をしています。UNIXのシンプルな体系に魅了されました。医学や生物に興味を持っています。情報科学、生物学、医学、物理学等の学習内容の備忘録として、このブログを作成しました。
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