Bioinformaticsのお勉強

医療系の仕事をしています。生命の尊さ、美しさがどのようなメカニズムで生じるのかに興味があります。科学の方法論を用いて、このような問いに応えたい、私はこう思って医学生物学の基礎研究のトレーニングを受けてきました。生命を科学的手法を用いて理解を試みる上で、genomeを始めとした種々の大量データの処理が必要不可欠であることを痛感しました。また、生命科学が物理学、数学、統計学、有機化学などの種々の学問と深い関わりを持つことを実感しました。そのため、このブログは広範囲の学問領域に関しての記事を載せています。日々の学習内容を文書に書き残し、それを読み返すことによって、体系化された知識を身に付けることを目標としています。どうぞよろしくお願いします。

Perlのエラーを直す

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Perlの実行時に、以下のような警告が出て邪魔です。これは、調べたところ、ログインしているMacのbashの環境設定が、Ubuntu内で反映しているのが問題だそうです。 perl: warning: Setting locale failed. perl: warnin...

OSのイメージを仮想アプライアンスとして出力

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他のパソコンのVirtualboxへ現在のパソコンのVIrtualbox内のUbuntuを移植したい場合、仮想アプライアンスとして出力がおすすめです。OVAファイルが生成されますので、それをインポートすればよいです。

Virtualboxのスナップショット

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Virtualboxはその瞬間の設定すべての差分を記録することができます。それがスナップショットというシステムです。OSを選択するウィンドウで、Spanpshotを選択すれば、スナップショットを作成できます。 重大な設定変更を行う前にはスナップショットを作成することをお勧めしま...

Ubuntu15.04へBioperlをインストール

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Bioperlはプラットフォームごとに様々なインストール方法が存在する。 一番、conservativeな方法はソースコードからのビルドだが、ハマるポイントも多い。 UbuntuはAPTでパッケージとしてインストールが可能なため、それに頼るとする。 $ sudo a...

Virtualbox内のUbuntuにNATのポートフォワーディングによりSSH接続する

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# sshサーバーをインストール $ sudo apt-get install ssh Ubuntuを選択して、Setting内のNetwork内のAdapter1を選択。初期設定はNATとなっているはず。Advanceを選択すると、ポートフォワーディングができる。私は以...
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kappa
普段は医療系のお仕事をしています。UNIXのシンプルな体系に魅了されました。医学や生物に興味を持っています。情報科学、生物学、医学、物理学等の学習内容の備忘録として、このブログを作成しました。
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