Bioinformaticsのお勉強

医療系の仕事をしています。生命の尊さ、美しさがどのようなメカニズムで生じるのかに興味があります。科学の方法論を用いて、このような問いに応えたい、私はこう思って医学生物学の基礎研究のトレーニングを受けてきました。生命を科学的手法を用いて理解を試みる上で、genomeを始めとした種々の大量データの処理が必要不可欠であることを痛感しました。また、生命科学が物理学、数学、統計学、有機化学などの種々の学問と深い関わりを持つことを実感しました。そのため、このブログは広範囲の学問領域に関しての記事を載せています。日々の学習内容を文書に書き残し、それを読み返すことによって、体系化された知識を身に付けることを目標としています。どうぞよろしくお願いします。

Swingアプリケーションの導入

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Swingを用いてWindowを表示させるだけのアプリケーションの作成をしてみます。 AWT(Abstract Window Toolkit)とはJavaが初めてリリースされたときから存在しているJava Core APIのGUIコンポーネントです。 Java Cor...

Javaのswingアプリケーションの文字化けの解決方法

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Javaの日本語を含むSwingアプリケーションを作るときにハマってしまいました。 解決策も合わせて書きたいと思います。 まず、私のMac OS XのJavaの環境は以下の通りです。 $ java -version java version "1.6.0_3...

Facebookの友達ネットワークを測定してR + igraphで描写する

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今回は、NameGenWebというアプリケーションを使ったFacebookの友達ネットワークの解析について紹介します。 NameGenWebのプライバシーポリシーを記します。 Privacy Policy NameGenWeb is a r esearch applic...

次数中心度をノードの大きさに反映させる

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#igraphのロード library(igraph) #n=50、p = 0.1の無向ランダムグラフを作成する。 g <- random.graph.game(50, p=0.1, direct=F) #次数中心を計算する ...

ClustalWを用いてマルチプルアラインメントを作成する

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ClustalxとはGUIベースのマルチプルアラインメントソフトウェアです。今回は、ヒト、マウス、ゼブラフィッシュのrhodopsinのアミノ酸配列のアラインメントを行いたいと思います。 ########ClustalX2.1のダウンロード########### 以下のサ...
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普段は医療系のお仕事をしています。UNIXのシンプルな体系に魅了されました。医学や生物に興味を持っています。情報科学、生物学、医学、物理学等の学習内容の備忘録として、このブログを作成しました。
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