Bioinformaticsのお勉強

ウィーン大学で生命科学者をしている今鉄男と申します。生命の尊さ、美しさがどのようなメカニズムで生じるのかに興味があります。科学の方法論を用いて、このような問いに応えたい、私はこう思って医学生物学の基礎研究のトレーニングを受けてきました。生命を科学的手法を用いて理解を試みる上で、genomeを始めとした種々の大量データの処理が必要不可欠であることを痛感しました。また、生命科学が物理学、数学、統計学、有機化学などの種々の学問と深い関わりを持つことを実感しました。そのため、このブログは広範囲の学問領域に関しての記事を載せています。日々の学習内容を文書に書き残し、それを読み返すことによって、体系化された知識を身に付けることを目標としています。どうぞよろしくお願いします。

コンソート声明に基づいたランダム化試験のデザイン

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無作為ランダム化試験は臨床医学研究の分野では信頼性の高いエビデンスを確立する上で、必須となってきています。 ランダム化比較試験の統一化しようとの試みで、CONSORT statment(Consolidated Statndards of Reporting Trials)が...

一つの母集団からのサンプル抽出を味わう

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$ vim command.in dat <- rnorm(10000, mean=0, sd=1) #母集団のヒストグラムに母集団の平均値を記述(green) png("120730_hist_1.png") hist(dat, brea...

臨床的に有意な差とは何か 〜サンプル数は多すぎても少なくてもいけない〜

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2群の平均値の比較において大切なことは、「有意差が出る」ことではなくて「実質的に(ex.臨床的に、実験的に)有意な差を検出する」ことです。 例えば、A,B二つの集団の身長の平均値の差について考えます。 二群の平均値の差が0.1cm程度しかなかったとき、その差を膨大なサ...

一標本からのサンプルの抽出についての検討

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一標本からのサンプルの抽出について検討しました。 今、身長の平均値175cm, 標準偏差が5cmの成人男性の集団(合計1000人)を考えます。 (対象の集団は175±5cm(n=1000)とも表現可) Rを使って、この集団のデータを擬似的に作成します。 #Rの起動 ...

Cent OSサーバーにRをインストールする

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Cent OSはyumでRをインストールができません。 そのため、サードパーティーを利用してRをインストールしてあげる必要があります。 epelというサードパーティーリポジトリにRが収録されているそうです。 今日はそのための方法を書きます。 #OSのバージョンを...
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kappa
生命科学系の研究者をしています。UNIXのシンプルな体系に魅了されました。医学や生物に興味を持っています。情報科学、生物学、医学、物理学等の学習内容の備忘録として、このブログを作成しました。
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