Bioinformaticsのお勉強

医療系の仕事をしています。生命の尊さ、美しさがどのようなメカニズムで生じるのかに興味があります。科学の方法論を用いて、このような問いに応えたい、私はこう思って医学生物学の基礎研究のトレーニングを受けてきました。生命を科学的手法を用いて理解を試みる上で、genomeを始めとした種々の大量データの処理が必要不可欠であることを痛感しました。また、生命科学が物理学、数学、統計学、有機化学などの種々の学問と深い関わりを持つことを実感しました。そのため、このブログは広範囲の学問領域に関しての記事を載せています。日々の学習内容を文書に書き残し、それを読み返すことによって、体系化された知識を身に付けることを目標としています。どうぞよろしくお願いします。

RNAseqの基本的な解析例

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RNAseqの基本的な解析についてまとめてみました。 データはNBPSeqというパッケージに付属のarabを用いました。 これはシロイヌナズナ(Arabidopsis)のmutantとコントロールの二群から各々3つずつサンプリングされ、Illumina Genome Anal...

ファイルサイズを調べる

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lsに-hlというオプションを付けると、各ファイルサイズに単位をつけて表示してくれます。

Rのedit関数

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RのオブジェクトをWindowsのECELをいじる感覚で、直接編集してしまいたい場合は、edit関数を使います。 すると、vimがたちあがり、直接数値をいじることができます。 もちろん、「:wq」で保存して終了します。

マニュアルページのソースを理解する

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使用方法の正確には理解できていないコマンドはmanコマンドにより、マニュアルを参照することになります。 今回は、そのマニュアルコマンドが参照する元ネタのファイルについて勉強しました。 lsコマンドのマニュアルファイルを例にとってみます。 まず、マニュアルは以下の9章に...

Manコマンドを日本語化

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ubuntuに限られると思いますが、以下の一行をターミナルで入力してもらえば、日本語化が完了します。 sudo aptitude install manpages-ja
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kappa
普段は医療系のお仕事をしています。UNIXのシンプルな体系に魅了されました。医学や生物に興味を持っています。情報科学、生物学、医学、物理学等の学習内容の備忘録として、このブログを作成しました。
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