Bioinformaticsのお勉強

医療系の仕事をしています。生命の尊さ、美しさがどのようなメカニズムで生じるのかに興味があります。科学の方法論を用いて、このような問いに応えたい、私はこう思って医学生物学の基礎研究のトレーニングを受けてきました。生命を科学的手法を用いて理解を試みる上で、genomeを始めとした種々の大量データの処理が必要不可欠であることを痛感しました。また、生命科学が物理学、数学、統計学、有機化学などの種々の学問と深い関わりを持つことを実感しました。そのため、このブログは広範囲の学問領域に関しての記事を載せています。日々の学習内容を文書に書き残し、それを読み返すことによって、体系化された知識を身に付けることを目標としています。どうぞよろしくお願いします。

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ibus-mozcをsynapticを用いてインストール。位存関係にあるパッケージは自動的にインストールされる。 ターミナルで以下の操作を実行して、Ubuntu Japan Team のリポジトリを追加。 uUbuntu Japan Teamの日本語パッケージ wge...

連番でディレクトリやファイルの作成

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表題の通りです。 $ mkdir hoge_{1..3000} これで、hoge_ が頭につくディレクトリが3000個で来ます。しかも連番で!!

任意の配列を含むファイルを特定のディレクトリ以下すべてのディレクトリからすべて選んできて、ひとつのディレクトリ内にバックアップする

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たとえば「2011」という文字列をファイル名に含むファイルをカレントディレクトリ以下から探し出して、./backup/ にコピーするには find xargs cp の三つを連結させて、 find . -name "*2011*" | xarg...

Mac OS Xでvimでテキスト書いた後にGUIで開くには、

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UTF-8からShift_JISへの文字コードの変更が必要です。 nkf -s test.utf > test.jis

Unixで作成したsshの公開認証鍵をwindowsのputtyによるssh接続に使用する。

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手元にOS Xとwindowsのマシーンがあったとします。 サーバーの自分のアカウントに公開鍵認証によるssh接続を行うために 秘密鍵と公開鍵を一揃い作成したとします。 秘密鍵をwindowsでのPuTTY使用時にも使用したいとします。 そうした場合、Puttyの...
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kappa
普段は医療系のお仕事をしています。UNIXのシンプルな体系に魅了されました。医学や生物に興味を持っています。情報科学、生物学、医学、物理学等の学習内容の備忘録として、このブログを作成しました。
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