Bioinformaticsのお勉強

ウィーン大学で生命科学者をしている今鉄男と申します。生命の尊さ、美しさがどのようなメカニズムで生じるのかに興味があります。科学の方法論を用いて、このような問いに応えたい、私はこう思って医学生物学の基礎研究のトレーニングを受けてきました。生命を科学的手法を用いて理解を試みる上で、genomeを始めとした種々の大量データの処理が必要不可欠であることを痛感しました。また、生命科学が物理学、数学、統計学、有機化学などの種々の学問と深い関わりを持つことを実感しました。そのため、このブログは広範囲の学問領域に関しての記事を載せています。日々の学習内容を文書に書き残し、それを読み返すことによって、体系化された知識を身に付けることを目標としています。どうぞよろしくお願いします。

医学用語の変換が一発でいくようにする!!

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ライフサイエンス辞書プロフェクとのデータベースをダウンロードすることが可能です!! 以下のサイトより、ことえり用かな漢字変換辞典をダウンロードしてきて、付属のPDFに書いてある操作をGUIで行えば完成です!! PDFに書いてあるように、「扁桃体」などの単語が一発で変換でき...

macでシェルからofficeやhtmlファイルを開く。

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Linuxの場合は、いちいち $ choromium-browser foo.html & $ openoffice.org foo.docx & みたいな感じで、プログラムを明示してやる必要がありましたが、 Macの場合は、その必要はなく $ o...

blastallのめも

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blastall -i query -d nr -o blast.out http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=ProgSelectionGui...

Rで、共通した要素を抜き出す。

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二つのベクトルがあったとき それらに共通した要素を抜き出す方法を二つ紹介します。 > x y x [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 > y [1] 3 4 5 > a a [1] 3 4 5 >...

Mac OS Xで作成したファイルの改行コードをUnix用に変換するワンライナー

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$ tr '\r' '\n' unix.txt
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kappa
生命科学系の研究者をしています。UNIXのシンプルな体系に魅了されました。医学や生物に興味を持っています。情報科学、生物学、医学、物理学等の学習内容の備忘録として、このブログを作成しました。
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