Bioinformaticsのお勉強

ウィーン大学で生命科学者をしている今鉄男と申します。生命の尊さ、美しさがどのようなメカニズムで生じるのかに興味があります。科学の方法論を用いて、このような問いに応えたい、私はこう思って医学生物学の基礎研究のトレーニングを受けてきました。生命を科学的手法を用いて理解を試みる上で、genomeを始めとした種々の大量データの処理が必要不可欠であることを痛感しました。また、生命科学が物理学、数学、統計学、有機化学などの種々の学問と深い関わりを持つことを実感しました。そのため、このブログは広範囲の学問領域に関しての記事を載せています。日々の学習内容を文書に書き残し、それを読み返すことによって、体系化された知識を身に付けることを目標としています。どうぞよろしくお願いします。

様々なoligonucleotideが縦に並んだファイルに対して、各々をblast形式にする。

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題名がうまくつけられませんね(^^;) awkの使い道を書いてみたかっただけ。 とにかくコードをみてください笑 $ vim test.txt aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa ccccccccccccccccccccccccccccccccc...

ncbiのftpサーバーから種ごとのrefseqのmRNAを取ってくる、からのlocal blastのためのデータベース構築(not human)

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#ncbiのftpサーバーにアクセスする $ ftp ftp.ncbi.nlm.nih.gov > cd ./refseq > ls dr-xr-xr-x   3 ftp      anonymous     4096 Mar 10  2008 B_ta...

sanger instituteからgenome assemblyをとってくる

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zebrafishのgenome assembly(zv9)を取ってこようと思う。 ftpサーバーにログインするにはlftpにftpサーバーのアドレスを与えれればよい。 $ lftp ftp.ensembl.org #ftpサーバーのdirectoryの変更 ...

gnuplotを用いてグラフを綺麗に描写する♪♪

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$ sudo apt-get install gnuplot $ gnuplot gnuplot> set terminal png gnuplot> set output 'test.png' gnuplot> plot sin(x...

メモリの使用状況をプロセスごとに表示する。

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$ ps alx F   UID   PID  PPID PRI  NI    VSZ   RSS WCHAN  STAT TTY        TIME COMMAND 4     0     1     0  20   0   2884  1676 poll_s Ss ...
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kappa
生命科学系の研究者をしています。UNIXのシンプルな体系に魅了されました。医学や生物に興味を持っています。情報科学、生物学、医学、物理学等の学習内容の備忘録として、このブログを作成しました。
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