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医療系の仕事をしています。生命の尊さ、美しさがどのようなメカニズムで生じるのかに興味があります。科学の方法論を用いて、このような問いに応えたい、私はこう思って医学生物学の基礎研究のトレーニングを受けてきました。生命を科学的手法を用いて理解を試みる上で、genomeを始めとした種々の大量データの処理が必要不可欠であることを痛感しました。また、生命科学が物理学、数学、統計学、有機化学などの種々の学問と深い関わりを持つことを実感しました。そのため、このブログは広範囲の学問領域に関しての記事を載せています。日々の学習内容を文書に書き残し、それを読み返すことによって、体系化された知識を身に付けることを目標としています。どうぞよろしくお願いします。
Humanのスライスが見れるサイト
CTやMRIなどの断層撮影像を正確に理解するには、Humanのスライスを勉強する必要があります。ここでは、そのようなスライスが掲載されているサイトを紹介します。
(2)The Internet Pathology Laboratory for Medical EducationWebPath(通称WenPath)
http://library.med.utah.edu/WebPath/HISTHTML/ANATOMY/ANATOMY.html
(1)に比べると、画質が粗いですが、全身が見れるのでオススメです。
(1)BrainMaps.org
脳の解剖のデータベースと思いきや、体幹の解剖も登録されていました。
脳の解剖のデータベースと思いきや、体幹の解剖も登録されていました。
(2)The Internet Pathology Laboratory for Medical EducationWebPath(通称WenPath)
http://library.med.utah.edu/WebPath/HISTHTML/ANATOMY/ANATOMY.html
(1)に比べると、画質が粗いですが、全身が見れるのでオススメです。
系統的に組織学が学べるサイト
ミシガン大学のサイトは、系統的に組織学が学べるのでおすすめです。バーチャルスライドへのリンクも多数あります。
http://histology.med.umich.edu/schedule/medical
http://histology.med.umich.edu/schedule/medical
医用画像の読影ソフト - Osilix
今回は、医用画像の読影ソフトであるOsilixをご紹介します。
http://www.osirix-viewer.com/index.html
OsilixはCTやMRIなどの医用画像データの標準フォーマットであるDICOMファイルを扱うことのできるビュアです。32bitと64bitの二つのタイプが提供されており、前者はGPLで提供されていますので、いますぐ無料で使う事ができます。
また、上記ホームページには、DICOMファイルのサンプルが多数置いてあるので、それをダウンロードして閲覧している大変勉強になります。
http://www.osirix-viewer.com/index.html
OsilixはCTやMRIなどの医用画像データの標準フォーマットであるDICOMファイルを扱うことのできるビュアです。32bitと64bitの二つのタイプが提供されており、前者はGPLで提供されていますので、いますぐ無料で使う事ができます。
また、上記ホームページには、DICOMファイルのサンプルが多数置いてあるので、それをダウンロードして閲覧している大変勉強になります。
発生生物学のバーチャルスライド
発生生物学のバーチャルスライドの掲載しているページを二つご紹介します。
#1. The virtual human embryo(http://www.ehd.org/virtual-human-embryo/)
ヒトの胎児の各発生段階のバーチャルスライドを見る事ができます。
#2. UNSW Embryology - Embryo virtual slides(https://embryology.med.unsw.edu.au/embryology/index.php/Embryo_Virtual_Slides#Stage_20)
stage22のヒトの胎児の発色のよいHE染色標本を見る事ができます。
#4. Zebrafish atral at the Jake Gittlen Cancer Research Foundation(http://zfatlas.psu.edu/search.php)
Zebrafishだけでなくて、マウスのembryoも掲載されていました。
ヒトの胎児の各発生段階のバーチャルスライドを見る事ができます。
#2. UNSW Embryology - Embryo virtual slides(https://embryology.med.unsw.edu.au/embryology/index.php/Embryo_Virtual_Slides#Stage_20)
stage22のヒトの胎児の発色のよいHE染色標本を見る事ができます。
#3. BrainMaps.org - Nissl, Rattus(http://brain-maps.org/index.php?action=viewslides&datid=89)
BrainMapsのサイトにちゃっかり、ラット胎児ののNissl染色標本のバーチャルスライドが掲載されていました。
#4. Zebrafish atral at the Jake Gittlen Cancer Research Foundation(http://zfatlas.psu.edu/search.php)
Zebrafishだけでなくて、マウスのembryoも掲載されていました。
脳解剖のデータベース
Whole Slide Imaging Repository
に、組織学のデータベースが紹介されていたので、勉強してみました。
#1. BrainMaps
このなかでも、 BrainMaps(http://brain-maps.org)がすこぶる勉強になりました。
ヒトを含む様々な動物の脳の様々なスライドを見ることができます。レスポンスも早く快適です。中枢系の研究者に有用です。
#2.Michigan state university brain biodiversity bank - The Human Brain Atlas (https://www.msu.edu/~brains/brains/human/index.html)
Sagital, Coronal, Horizontal(axial)のすべてのスライスについてバーチャルスライドをみることができます。
他の動物のものも見る事ができる。
#3. The human brain.info(http://www.thehumanbrain.info//index.php)
このサイトのコンセプトも上の二つと同じ。ただし、詳細なアノテーションが付けられていることと、固定標本がみれる点が良い。
#4. Zoomable Human Brain Atlas(http://zoomablebrain.bio.uci.edu)
このサイトがもっともわかりやすいです。Fiber stainとNissl stainの両方があります、Coronal, horizontal, sagitalの3セクションも載っています。