Universal USB Installerがおすすめです。
GUIで難なく操作できます。
ためしにUbuntu10.10をUSBに入れて、中古のLet's note cf-t7にインストールを入れてみたんですけど、
やはり、DVDでインストールするより格段に早いと感じました。
vineなどの若干マイナーなディストロでもいけるかは現時点では不明です。
医療系の仕事をしています。生命の尊さ、美しさがどのようなメカニズムで生じるのかに興味があります。科学の方法論を用いて、このような問いに応えたい、私はこう思って医学生物学の基礎研究のトレーニングを受けてきました。生命を科学的手法を用いて理解を試みる上で、genomeを始めとした種々の大量データの処理が必要不可欠であることを痛感しました。また、生命科学が物理学、数学、統計学、有機化学などの種々の学問と深い関わりを持つことを実感しました。そのため、このブログは広範囲の学問領域に関しての記事を載せています。日々の学習内容を文書に書き残し、それを読み返すことによって、体系化された知識を身に付けることを目標としています。どうぞよろしくお願いします。
linuxmintでeclipseをインストールして日本語化
#eclipseをインストール。３０分ほどかかった。
$ sudo apt-get install eclipse
#eclipseを日本語化するためのパッケージpleiadesをインストール
pleiades
#設定ファイルを編集して、以下の一行を追加する
$ sudo vim /etc/eclipse.ini
-javaagent:/usr/lib/eclipse/plugins/jp.sourceforge.mergedoc.pleiades/pleiades.jar
$ sudo apt-get install eclipse
#eclipseを日本語化するためのパッケージpleiadesをインストール
pleiades
#設定ファイルを編集して、以下の一行を追加する
$ sudo vim /etc/eclipse.ini
-javaagent:/usr/lib/eclipse/plugins/jp.sourceforge.mergedoc.pleiades/pleiades.jar
C言語の基本構造
C言語は関数言語であると一般的に言われます。
その意味について少し考察してみました。
まずはじめに最小のC言語プログラムは以下のようになります。
/****最小のプログラム****/
main(){}
/****おしまい****/
たった一行のプログラムですが、ちゃんと動きます。
もう少し厳密さを重視するなら関数の定義にしたがう必要があります。
すなわち
戻り値の型 関数名(引数リスト)
の形式を踏襲することが大切です。
すると上のプログラムは以下の用に書き直すことができます。
/****最小のプログラム****/
int main(void){
return 0;
}
/****おしまい****/
さらにこのプログラムに何もしない関数を定義してやると以下のようになります。
/****最小のプログラム****/
int main(void){
return 0;
}
function1(){}
function2(){}
/****おしまい****/
非常に面白いことは、有名なおまじない#includeを用いなくてもc言語のプログラムは成立するということです。
ただし、このままでは画面に出力ができません（IOの機能がない）。そこで、APIを用いて出力してやる必要があります。
これを行うには#includeによって、stdio.hという標準入出力のためのヘッダーファイルを読み込んでやる必要があります。
では#includeを読み込んでみましょう。
/****最小のプログラム****/
#include<stdio.h>
int main(void){
printf("Hello!\n");
return 0;
}
function1(){}
function2(){}
/****おしまい****/
うん。実に美しい。
C言語は関数がダラダラと連なった構造を取っていて、適宜ヘッダーファイルを読み込むことにより、標準入出力を一とした特殊な（一般的には基本的な作業ではあるが）を行うことを可能にしているのである。
スッキリした。
勉強しているプログラム言語の大きな枠組みを理解すると、気持ちがいいですし、設計していくうえで大変見通しが良くなると思います。
その意味について少し考察してみました。
まずはじめに最小のC言語プログラムは以下のようになります。
/****最小のプログラム****/
main(){}
/****おしまい****/
たった一行のプログラムですが、ちゃんと動きます。
もう少し厳密さを重視するなら関数の定義にしたがう必要があります。
すなわち
戻り値の型 関数名(引数リスト)
の形式を踏襲することが大切です。
すると上のプログラムは以下の用に書き直すことができます。
/****最小のプログラム****/
int main(void){
return 0;
}
/****おしまい****/
さらにこのプログラムに何もしない関数を定義してやると以下のようになります。
/****最小のプログラム****/
int main(void){
return 0;
}
function1(){}
function2(){}
/****おしまい****/
非常に面白いことは、有名なおまじない#include
ただし、このままでは画面に出力ができません（IOの機能がない）。そこで、APIを用いて出力してやる必要があります。
これを行うには#include
では#include
/****最小のプログラム****/
#include<stdio.h>
int main(void){
printf("Hello!\n");
return 0;
}
function1(){}
function2(){}
/****おしまい****/
うん。実に美しい。
C言語は関数がダラダラと連なった構造を取っていて、適宜ヘッダーファイルを読み込むことにより、標準入出力を一とした特殊な（一般的には基本的な作業ではあるが）を行うことを可能にしているのである。
スッキリした。
勉強しているプログラム言語の大きな枠組みを理解すると、気持ちがいいですし、設計していくうえで大変見通しが良くなると思います。
Macでjavacを実行したときの文字化け対処法
コンパイルするときは
'javac -J-Dfile.encoding=UTF-8'
実行するときは
java='java -Dfile.encoding=UTF-8'
以下の二行を~/.bashrcに追記しておくとよい。
alias javac='javac -J-Dfile.encoding=UTF-8'
alias java='java -Dfile.encoding=UTF-8'
'javac -J-Dfile.encoding=UTF-8'
実行するときは
java='java -Dfile.encoding=UTF-8'
以下の二行を~/.bashrcに追記しておくとよい。
alias javac='javac -J-Dfile.encoding=UTF-8'
alias java='java -Dfile.encoding=UTF-8'
Texのインストール（日本語環境）(Linxmint 11)
こちらのサイトに詳しく書いてあります。
ubuntu11になってからインストールの方法が変わったようです。
以下の三行を入力すればよいようです。
$ sudo apt-get install texlive texlive-math-extra ptex-bin xdvik-ja
$ sudo apt-get install dvipdfmx cmap-adobe-japan1 ptex-jisfonts okumura-clsfiles jmpost jbibtex-base jbibtex-bin mendexk
$ sudo jisftconfig add
tex(UTF-8)をEUC-JPにコンバートして、そのままPDFにするスクリプトに、すばらしいスクリプトが公開されています。
ここに引用させていただきます。
##############ここから################################
#!/usr/bin/env python
#-*- coding:utf-8 -*-
#you must use this script at same directory where texfile exists.
import subprocess,sys,os
argvs = sys.argv
if len(argvs) != 2:
print "Usage:tex2pdf texfile"
quit()
#enforce extension
filename = argvs[1].replace('.tex','')
#create temp file
proc = subprocess.Popen(['mktemp','/tmp/'+filename+'.XXXXXX'],stdout=subprocess.PIPE,stdin=subprocess.PIPE)
tempfile = proc.communicate()[0]
#convert to euc-jp
os.system("nkf -e " + filename+'.tex' + ' > ' + tempfile)
#create dvi
os.system("platex " + tempfile)
#create pdf
os.system("dvipdfmx " + filename+'.dvi')
#remove temporary file
os.system('rm '+tempfile)
##############ここまで################################
ファイル名をtex2pdf.pyにして
実行権限を与え、パスを通せば、
$ tex2pdf.py file.tex
のようにして実行することにより、たちまちpdfファイルが出来上がります。しかも、ソースコードの文字コードは変更されません。
すばらしい！！！！！！！！！！！！！！！
ubuntu11になってからインストールの方法が変わったようです。
以下の三行を入力すればよいようです。
$ sudo apt-get install texlive texlive-math-extra ptex-bin xdvik-ja
$ sudo apt-get install dvipdfmx cmap-adobe-japan1 ptex-jisfonts okumura-clsfiles jmpost jbibtex-base jbibtex-bin mendexk
$ sudo jisftconfig add
tex(UTF-8)をEUC-JPにコンバートして、そのままPDFにするスクリプトに、すばらしいスクリプトが公開されています。
ここに引用させていただきます。
##############ここから################################
#!/usr/bin/env python
#-*- coding:utf-8 -*-
#you must use this script at same directory where texfile exists.
import subprocess,sys,os
argvs = sys.argv
if len(argvs) != 2:
print "Usage:tex2pdf texfile"
quit()
#enforce extension
filename = argvs[1].replace('.tex','')
#create temp file
proc = subprocess.Popen(['mktemp','/tmp/'+filename+'.XXXXXX'],stdout=subprocess.PIPE,stdin=subprocess.PIPE)
tempfile = proc.communicate()[0]
#convert to euc-jp
os.system("nkf -e " + filename+'.tex' + ' > ' + tempfile)
#create dvi
os.system("platex " + tempfile)
#create pdf
os.system("dvipdfmx " + filename+'.dvi')
#remove temporary file
os.system('rm '+tempfile)
##############ここまで################################
ファイル名をtex2pdf.pyにして
実行権限を与え、パスを通せば、
$ tex2pdf.py file.tex
のようにして実行することにより、たちまちpdfファイルが出来上がります。しかも、ソースコードの文字コードは変更されません。
すばらしい！！！！！！！！！！！！！！！
続biojavaのインストール
Biojavaのバイナリファイルのダウンロードサイトから、
・biojava-1.4.jar
・bytecode-0.92.jar
・commons-cli.jar
・commons-collections-2.1.jar
・commons-dbcp-1.1.jar
・commons-pool-1.1.jar
の合計６つのファイルをダウンロードしてきて、
Windowsでは
C:\Program Files\Java\jre7\lib\ext
にコピーします。
これでうまくいきました。
・biojava-1.4.jar
・bytecode-0.92.jar
・commons-cli.jar
・commons-collections-2.1.jar
・commons-dbcp-1.1.jar
・commons-pool-1.1.jar
の合計６つのファイルをダウンロードしてきて、
Windowsでは
C:\Program Files\Java\jre7\lib\ext
にコピーします。
これでうまくいきました。
biojavaのインストール（要経過観察）
Windows環境で作業していることにします。
まずはBioJava:Download 3.0.2から、
10個のbinaryファイルを手動でダウンロードしました。
次に、これらの.jarファイルを
C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_02\jre\lib\ext
にコピーします。
これでOKかと思いきや、だめでした。
ネット上に落ちてるサンプルコードを手当たり次第コンパイルしてみました。
javacでコンパイルまでできますが、実行するときにエラーが出てしまいました。どうすればいいのでしょう。
まずはBioJava:Download 3.0.2から、
10個のbinaryファイルを手動でダウンロードしました。
次に、これらの.jarファイルを
C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_02\jre\lib\ext
にコピーします。
これでOKかと思いきや、だめでした。
ネット上に落ちてるサンプルコードを手当たり次第コンパイルしてみました。
javacでコンパイルまでできますが、実行するときにエラーが出てしまいました。どうすればいいのでしょう。