Bioinformaticsのお勉強

KeyRemap4MacBookはKarabinerに名前変更

KeyRemap4MacBookはKarabinerと名前を変えました。

https://pqrs.org/osx/karabiner/

英語のキーボードで日本語入力するときや、かなキーをcommandキーとして併用したいときの必需品です。

Macのハードディスクのお掃除

Macを長く使っていくと、ディレクトリのいろいろなところに不要なファイルがたまり込んでいきます（Windowsも同じかもしれませんが）。

DiskWave
http://diskwave.barthe.ph

というアプリを使うと、GUIベースで簡単に、どのディレクトリが容量を消費しているのかが可視化できます。

Debian7.0.0で音が出ないとき

# alsactl init

でマイクから音ができるようになった。

自動起動されるように
# vi /etc/rc.local
で
alsactl init
を一行追記しておいた。

Day24 Raspberry Piカメラモジュールでタイムラプス撮影

今回はRaspberry Piカメラモジュールでタイムラプス撮影を行います。ハードウェアの構成は最後の写真参照。

本稿は以下のサイトを参考にしています。

http://ohmylab.net/blog/20140323-rspberry-pi-time-lapse-cam/

https://www.youtube.com/watch?v=SfWdCbrLmCE

###タイムラプス撮影###

まずは、Raspberry piにログインします。

#Macからログイン(-P以降はSSH用に設定したポート番号。192.168.11.7は家庭内のLanで固定したpiの無線LANのポート番号)

ssh pi@192.168.11.7 -p XXXXX

#タイムラプス撮影(大量のjpgファイルが生成される)

mkdir /home/pi/Pictures

raspistill -o /home/pi/Pictures/image-%04d.jpg -tl 6000 -t 600000 -w 1920 -h 1080

#ログアウト

exit

#Macの任意のディレクトリにすべてのファイルをダウンロード

scp -P XXXXX pi@192.168.11.7:/home/pi/test ~/Pictures

####生成したファイルから動画を作る。mencoderを使用。####

#mencoderのインストール

sudo apt-get -y install mencoder

#mencoderに与えるファイルリストを生成

ls *.jpg > stills.txt

#タイムラプス画像のファイル群から動画を生成

mencoder -nosound -ovc lavc -lavcopts vcodec=mpeg4:aspect=16/9:vbitrate=8000000 -vf scale=1920:1080 -o tlcam.avi -mf type=jpeg:fps=24 mf://@stills.txt

#動画のダウンロード

scp -P XXXXX pi@192.168.11.7:/home/pi/tlcam.avi ~/Pictures

#VLCで動画再生

open -a "VLC" tlcam.avi

###raspistillの文法解説####

raspistill -o /home/pi/Pictures/image-%04d.jpg -tl 6000 -t 600000 -w 1920 -h 1080

とは

-o /home/pi/Pictures/image-%04d.jpg

連番のファイルを生成

-tl 6000

6000ミリ秒(6sec)のタイムラプスで

-t 600000

600000ミリ秒(600sec = 10min)の間

-w 1920

横が1920pixel

-h 1080

縦が1080pixel

という指定をしている。

Day24 Raspberry Pi専用カメラモジュールを使う

Raspberry Pi専用カメラモジュールを使って写真撮影を試みた。

#Raspberry Piのカメラを有効化する
sudo raspi-config

設定が終わると再起動される。

静止画の撮影にはデフォルトでインストールされているraspistillコマンドを使用する。

#撮影
raspistill -o image.jpg

CUIで画像を表示させるには、
fbiかimg2txtというアプリケーションを使用すれば良いが、ssh接続ではどちらもうまく行かない。手元にダウンロードしてしまうのがよいだろう。

#ログアウト
exit

#ダウンロード
scp -P xxxxx pi@192.168.11.7:/home/pi/image.jpg ./image.jpg

#画像表示
open image.jpg

ピントを合わせるのに一苦労だった。どうやってこのカメラモジュールを使いこなすかは、今後の課題だ。

林和孝『Raspberry Piで遊ぼう』ラトルズ　2014